Історія церкви починається в XII столітті, коли бенедиктинці побудували в Лондоні першу церкву в ім'я Маргарити Антіохійської. Вона була збудована заново при перших Тюдорах (в 1486–1523 рр.), А в XVII ст. за наполяганням пуритан стала парафіяльною для членів Британського парламенту. У 1730-ті рр. храм був облицьований світлим портлендським вапняком, одна з башт піддалася перебудові. У XIX столітті до церкви прибудували притвори, був абсолютно оновлений її інтер'єр.
У церкві св. Маргарити поховані Вільям Кекстон і Волтер Релі, про що нагадують фігурні вітражі з їх зображеннями. Тут за традицією вінчалися багато поколінь англійської аристократії, і в їх числі Вінстон Черчилль. Популярним є церковний орган.