Місто розташоване між двома невеликими річками басейну Кури, які впадають одна в одну трохи північніше за містом. Ландшафт можна охарактеризувати як плоскогір'я.
Вірменська церква у Ахалкалакі
На південний схід від міста розташований значних розмірів пагорб, який місцеві мешканці називають «Ташванка». Колись пагорб був покритий густим хвойним лісом, проте зараз він значно порідшав — його вирубали на дрова у 1990-і роки. На північно-західному схилі «Ташванки» біля підніжжя знаходиться міське кладовище. Сонце в місті встає із-за гори Діді-Абулі (3 301 м над рівнем моря), розташованої на сході. Біля підніжжя г. Діді-Абулі знаходився гірський полігон «Абул» російської військової бази, яка в 2007 році була передана владі Грузії. Вся інфраструктура і життя міста побудоване навколо бази.