Груповий етап Кубка УЄФА 2008—2009 — це другий етап цього змагання.[1] Жеребкування проходило 7 жовтня 2008 року в штаб-квартирі УЄФА в Ньйоні (Швейцарія).[2] Гуповий етап розпочався 23 жовтня і закінчився матчами 18 грудня 2008.[3] Три перші команди з кожної групи пройшли до наступного кола змагань: 1/16 фіналу. Також в 1/16 фіналу брали участь 8 команд, що зайняли треті місця в груповому етапі Ліги чемпіонів.[4]
Команди в першому кошику для жеребкування займали місця з 2 по 39; в другому — з 40 по 71; в третьому — з 72 по 88; в четвертому — з 91 по 121, а також команди без рейтингу з Англії та Іспанії. В п'ятий кошик потрапили команди, що залишились.
На основі абзацу 6.06 правил УЄФА поточного сезону, якщо дві або більше команд здобудуть рівну кількість очок в змаганнях на груповій стадії, для визначення тих, хто просувається далі, будуть застосовані такі критерії :[5]
краща різниця забитих та пропущених голів;
більша кількість забитих голів;
більша кількість голів забитих у виїзних матчах;
більша кількість перемог;
більша кількість перемог на виїзді;
higher number of coefficient points accumulated by the club in question, as well as its association, over the previous five seasons.