В турнірі візьме участь 160 клубів із 53 футбольних асоціацій. Кількість команд від кожної країни і раунд з якого вони почнуть змагання залежить від позиції асоціації в таблиці коефіцієнтів. Переможець Кубка УЄФА 2008—09 отримав право брати участь в турнірі незалежно від квоти країни і позиції у внутрішньому чемпіонаті, однак Шахтар кваліфікувався до Ліги Чемпіонів 2009—10 за підсумками чемпіонату.
Схема кваліфікації команд від асоціацій до Ліги Європи 2009–2010:
асоціації 1—6 отримали по 3 команди кожна;
асоціації 7—9 отримали по 4 команди кожна;
асоціації 10—53 отримали по 3 команди кожна, окрім Андорри, Ліхтенштейну та Сан-Марино (одна команда для кожної асоціації).
Перший кваліфікаційний раунд (50 команд)
2 володарі Кубка Андорри та Сан-Марино
16 срібних призерів з асоціацій 35—51 (окрім Ліхтенштейну)
29 бронзових призерів з асоціацій 22—51 (окрім Ліхтенштейну)
В першому кваліфікаційному раунді взяли участь 46 команд.
Жеребкування першого кваліфікаційного раунду відбулося 22 червня2009. Перші матчі пройшли 2 липня, матчі-відповіді — 9 липня2009.
57 команд почали змагання із цього раунду. Також в другому кваліфікаційному раунді взяли участь 23 команд із попереднього раунду кваліфікації. Жеребкування другого кваліфікаційного раунду відбулося одночасно із жеребкуванням першого раунду 22 червня2009. Перші матчі пройшли 16 липня, матчі-відповіді — 23 липня2009.
30 команд почали змагання із цього раунду. Також в третьому кваліфікаційному раунді взяли участь 40 переможців попереднього раунду кваліфікації. Жеребкування третього кваліфікаційного раунду пройшло 17 липня2009. Перші матчі відбулись 30 липня, матчі-відповіді — 6 серпня2009.
26 команди почнуть змагання із цього раунду. Також в третьому кваліфікаційному раунді візьме участь 35 переможців попереднього раунду кваліфікації та 15 команд з третього кваліфікаційного раунду Ліги чемпіонів (10 команд чемпіонської та 5 команд нечемпіонської кваліфікації).
9Згідно з жеребкуванням команди Рома, Динамо Москва, ПСВ, Шахтар, Спарта та Зеніт повинні були грати першу гру вдома, але порядок ігор було змінено.
10Через поведінку вболівальників клубу Динамо Бухарест гра була зупинена на 88 хвилині при рахунку 0:2. Дисциплінарний комітет вирішив зарахувати румунському клубу технічну поразку 0:3.
володарі кубків Швейцарії та Болгарії починали змагання із раунду стикових матчів;
володарі кубків Кіпру та Словенії починали змагання із третього кваліфікаційного раунду;
володарі кубків Андорри та Сан-Марино, а також срібні призери чемпіонатів Македонії та Ірландії, починали змагання із другого кваліфікаційного раунду.
Було сформовано 12 груп по 4 команди в кожній.
Починаючи із групового раунду матчі обслуговують п'ять польових арбітрів: окрім головного та двох бокових рефері, присутні два арбітри, що слідкують за штрафним майданчиком. Це нововведення є частиною експерименту, санкціонованого ФІФА[9]
Жеребкування 1/16 фіналу відбулося 18 грудня2009 року, наступного дня після закінчення групового етапу.[10] Перші матчі відбулись 16 і 18 лютого, матчі-відповіді — 23 і 25 лютого2010.
Жеребкування 1/8 фіналу відбулося 18 грудня2009 року, наступного дня після закінчення групового етапу.[10] Перші матчі були зіграні 11 березня, матчі-відповіді відбулися 18 березня2010 року.
↑ абвПереможець Кубка Ізраїля Бейтар не отримав ліцензії УЄФА, фіналіст Маккабі Хайфа кваліфікувався в Лігу чемпіонів, тому в Лізі Європи будуть брати участь команди, які зайняли кращі місця в чемпіонаті
↑Переможець кубка Вірменії Арарат не отримав ліцензії УЄФА, тому його місце зайняв клуб Міка
↑Фіналіст Кубка Казахтану Алмати був переформований у новий клуб Локомотив, однак він не отримав ліцензії УЄФА, тому його місце зайняв клуб Окжетпес
Атлетіко
Фулхем
Клаудіо Пісарро (9 м'ячів)
Оскар Кардосо (9 м'ячів)
.svg){kind=small}
МТЗ-РІПО
Динамо Тирана
Ветра
Русенборг
Іртиш
Біркіркара
.svg){kind=small}
Міка
Кефлавік
Нимме Калью
Полонія
Рудар
Лланеллі
Широкі Брієг
Інтер Баку
Ренова
Бней-Єгуда
.svg){kind=small}
Андерлехт
Марсель
Рома
Галатасарай
Шахтар
Уніря
Ред Булл
Спортінг
