Сезон Словацької Екстраліги 2006/2007 — чотирнадцятий сезон Словацької Екстраліги. В сезоні 2006/2007 взяло участь 10 команд. В серії плей-оф Словацької Екстраліги переможцем стала команда «ХК Слован Братислава», перемігши у фінальній серії «ХК Дукла Тренчин» із рахунком 4:2. З Екстраліги ніхто в цьому сезоні не вибував до 1-ї хокейної ліги Словацької республіки, оскільки було вирішено розширити лігу в наступному сезоні до 11 команд, тому новачком стала команда «МХК Зимовий центр Кежмарнок» (MHK SkiPark Kežmarok).