"Consta de dos fajas la superior dividida en dos y en los colores Rojo y Blanco; Verde esmeralda a todo lo largo de la faja inferior. Las dimensiones serán las mismas adoptadas por la Bandera de Antioquia. El color rojo significa la revolución de Córdoba en El Santuario. El blanco significa pureza de la raza, sobre todo de sus virtuosas mujeres, la paz respetuosa que nos caracteriza en toda la comarca. El Verde significa los riachuelos y la selva, los bosques y las huertas, los maizales y los jardines. Fue adoptada mediante Acuerdo Nº 006 de 1976 cuyo texto es el siguiente: “Acuerdo Nº 006 por medio del cual se adopta la bandera oficial del Municipio de El Santuario. El Concejo Municipal de El Santuario Antioquia, en uso de sus atribuciones legales, las que le confiere el artículo 197 de la Constitución Nacional, leyes: 4ª de 1913, 72 de 1926, 89 de 1936 y 115 de 1948, y CONSIDERANDO: a). Que en la actualidad el Municipio de El Santuario no tiene adoptada oficialmente la bandera; b). Que compete a esta corporación tomar la decisión; ACUERDA: ARTÍCULO 1º. Adoptar como en efecto lo hace, como Bandera Oficial de El Municipio de El Santuario, la siguiente: Mitad faja horizontal, colores rojo y blanco con dimensiones iguales, parte superior; y la otra mitad, color verde esmeralda, parte inferior, también en forma horizontal. ARTÍCULO 2º. El Presente acuerdo rige a partir de la fecha de su sanción legal. Dado en El Santuario, a los 23 días del mes de Diciembre de 1976. Ramón Hoyos Suárez, Vicepresidente; Aura Salazar de Giraldo, Secretaria. La iniciativa de este acuerdo es obra del concejal de entonces Don José J. González Jiménez, ciudadano de gran espíritu cívico y preocupado por los aconteceres de la Patria Chica."

Colores usados: R, W, V