Тренерську кар'єру Мансано почав в 1983 році, у віці 27 років. Він очолював ряд аматорських команд, спочатку у регіональних лігах, а з 1989 року у Терсері, в четвертому за рівнем дивізіоні Іспанії.
У 1996 році Мансано вперше очолив професіональну команду, нею стала «Талавера» з Сегунди Б. За два сезони він привів клуб з Кастилії-Ла-Манчі до другого місця (1996/97), але клуб не зміг вийти в Сегунду. Тим не менш робота Мансано в «Талавері» викликала інтерес у деяких клубів, і Грегоріо підписав контракт з командою Сегунди «Толедо»[1], з якою він посів 7-е місце в Сегунді 1998/99.
У наступному сезоні Мансано керував столичним клубом «Атлетіко Мадрид»[7]. Клуб зайняв 7-ме місце і отримав право брати участь в Кубку УЄФА в наступному сезоні. Однак контракт з Мансано не був продовжений[8]. Після звільнення Іньякі Саеса з поста головного тренера збірної Іспанії ходили чутки про можливе призначення Мансано на вакантну посаду[9], однак цього не сталося, і Грегоріо в сезоні 2004/05 очолив «Малагу»[10][11].
15 лютого 2006 року Мансано повернувся в «Мальорку»[12] і пропрацював там до травня 2010 року[13]. 26 вересня 2010 року Грегоріо Мансано очолив «Севілью»[14], зайнявши з нею 5-е місце. Влітку 2011 року повернувся в «Атлетіко Мадрид»[15][16]. Під керівництвом Мансано клуб впевнено виступав в Лізі Європи, проте куди скромніше були результати в чемпіонаті-клуб йшов тільки на 10-му місці, що не влаштовувало керівництво клубу і все частіше стали говорити про можливе звільнення Мансано. Останньою краплею терпіння Енріке Сересо, президента «Атлетіко», стала домашня поразка від «Альбасете» і виліт з Кубка Іспанії. У грудні 2011 року Мансано був звільнений. На зміну Мансано був призначений Дієго Сімеоне.
5 лютого 2013 року Грегоріо втретє очолив «Мальорку». Контракт підписаний до кінця сезону 2012/13 з можливістю продовження ще на сезон[17]. Змінив на цьому посту Хоакіна Капарроса[18]. Втім врятувати від вильоту Мансано не зумів і в кінці сезону покинув клуб.
11 лютого 2014 року іспанець очолив китайський клуб «Бейцзін Гоань», який привів до другого місця в чемпіонаті. З пекінського клубу Мансано пішов у листопаді 2015 року із званням найкращого тренера року в китайській Суперлізі. Через місяць після цього, 18 грудня, Хоакін очолив «Шанхай Шеньхуа», пропрацювавши там один сезон. 9 листопада 2016 року керівництво клубу повідомило про те, що в наступному сезоні не планує працювати з іспанцем.
4 травня 2017 року Грегоріо Мансано очолив «Гуйчжоу Чжичен»[19], який покинув влітку 2018 року[20].
↑Manzano, presentado en Valladolid [Manzano, presented in Valladolid] (PDF) (Spanish) . Mundo Deportivo. 24 червня 1999. Архів оригіналу(PDF) за 4 березня 2016. Процитовано 5 квітня 2016.
↑Teresa Rivero, 'entrenadora' [Teresa Rivero, 'coach'] (PDF) (Spanish) . Mundo Deportivo. 3 жовтня 2001. Архів оригіналу(PDF) за 11 серпня 2014. Процитовано 5 квітня 2016.
↑"Espero devolver al club a Europa" [“I hope to return the club to Europe”] (PDF) (Spanish) . Mundo Deportivo. 4 червня 2002. Архів оригіналу(PDF) за 5 березня 2016. Процитовано 5 квітня 2016.
↑Manzano no seguirá en el Atlético [Manzano will not continue in Atlético] (Spanish) . El País. 25 травня 2004. Архів оригіналу за 16 квітня 2016. Процитовано 5 квітня 2016.
↑Manzano no se esperaba este final [Manzano did not expect this ending] (PDF) (Spanish) . Mundo Deportivo. 13 січня 2005. Архів оригіналу(PDF) за 5 березня 2016. Процитовано 5 квітня 2016.
↑Manzano vuelve al Mallorca [Manzano returns to Mallorca] (Spanish) . La Rioja. 15 лютого 2006. Архів оригіналу за 5 березня 2016. Процитовано 5 квітня 2016.