Нові Анени вперше згадані 27 червня 1731 року за назвою Пашкань-пе-Бик (Pascani pe Bic). В ті часи село було невеликим поселенням, переважну частину якого займали сараї для худоби (рум.anină).[4] Згодом в одному документі датованому 27 квітня 1833 вказано, що село Аніна та давніше поселення Пашкань-пе-Бик є одним і тим же поселенням. 1856 року маєток здавали в оренду турецькому купцеві Хусан-бею, що володіє й сільською корчмою. Після відходу татар з Бессарабії село практично вимирає, однак в 1883 році сюди переїжджають селяни із сусідніх сіл і займаються сільським господарством і розведенням худоби. В 1889 році кілька родин німецьких колоністів з Миколаєвської губернії купують 1715 десятин землі й засновують село Цинцарени (рум.Tintareni, Цинцерень). Перепис населення 1910 року свідчить, що на місці Цинцерен перебували два села — німецьке Нова Ніколаєвка (Nicolaevca Noua) і російське Стара Ніколаєвка (Nicolaevca Veche), у кожному з яких була церква й школа. Малоземельні жителі російського села працювали на будівництві будинків у німецькому селі. Православні молдавани й росіяни відвідували церкву в селі Булбоака. У перших числах січня 1926 року Нова Ніколаєвка була перейменована в Нові Анени, а Стара Ніколаєвка в Старі Анени. В 1940 році німці виїхали в Німеччину, залишивши 106 господарств із 120 будинками 1713 га орної землі.
В 1965 році Новим Аненам був наданий статус міста. У часи МРСР у Нових Аненах працював консервний завод (по переробці овочів, фруктів і виготовленню виноградного соку), хлібозавод, комбікормовий завод і завод будматеріалів. Функціонувала інкубаторна станція. В 1973 році число жителів становило 6,1 тис. осіб. За даними перепису населення на 2009 рік чисельність населення становить 8403 чоловік.