Клуб «Аякс Ласнамяе» був заснований в 1993 році, з 2003 по 2005 роки виступав під назвою «Аякс Естель Таллінн». У 2006 році дебютував в Мейстрилізі, найсильнішому дивізіоні Естонії, і зайняв у ній 8-е місце, що досі є найкращим результатом в історії клубу. У 2007 році «Аякс Ласнамяе» посів останнє місце і вибув в Есілігу. Провівши в Есілізі 3 сезони, у 2011 році «Аякс» знову отримав право виступати у вищому дивізіоні, однак за результатами чемпіонату посів останнє місце з жахливою різницею забитих і пропущених м'ячів 11-192 . Даний результат є антирекордом Мейстриліги (1992 року). У першій половині чемпіонату клуб пропустив 66 голів, у другій — 126.
