SLX4

SLX4
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 4M7C, 4UYI, 4ZOU
Ідентифікатори
Символи	SLX4, BTBD12, FANCP, MUS312, SLX4 structure-specific endonuclease subunit
Зовнішні ІД	OMIM: 613278 MGI: 106299 HomoloGene: 23770 GeneCards: SLX4
Пов'язані генетичні захворювання
Fanconi anemia complementation group P
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0010577 enzyme activator activity • endodeoxyribonuclease activity • crossover junction endodeoxyribonuclease activity • 5'-flap endonuclease activity • 3'-flap endonuclease activity Клітинна компонента • ERCC4-ERCC1 complex • нуклеоплазма • міжклітинні контакти • Holliday junction resolvase complex • клітинне ядро • теломера • гіалоплазма • Slx1-Slx4 complex Біологічний процес • nucleotide-excision repair • DNA recombination • positive regulation of t-circle formation • cellular response to DNA damage stimulus • DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing • реплікація ДНК • response to intra-S DNA damage checkpoint signaling • GO:0048554 positive regulation of catalytic activity • GO:0100026 Репарація ДНК • interstrand cross-link repair • resolution of meiotic recombination intermediates • double-strand break repair via homologous recombination • meiotic DNA double-strand break processing • telomeric D-loop disassembly • t-circle formation • negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	84464	52864
Ensembl	ENSG00000188827	ENSMUSG00000039738
UniProt	Q8IY92	Q6P1D7
RefSeq (мРНК)	NM_032444	NM_177472
RefSeq (білок)	NP_115820	NP_803423 NP_001389852 NP_001389853 NP_001389854 NP_001389855 NP_001389856 NP_001389857 NP_001389859 NP_001389860
Локус (UCSC)	Хр. 16: 3.58 – 3.61 Mb	Хр. 16: 3.98 – 4 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SLX4 (англ. SLX4 structure-specific endonuclease subunit) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 16-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 834 амінокислот, а молекулярна маса — 200 012.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MKLSVNEAQL		GFYLGSLSHL		SACPGIDPRS		SEDQPESLKT		GQMMDESDED
FKELCASFFQ		RVKKHGIKEV		SGERKTQKAA		SNGTQIRSKL		KRTKQTATKT
KTLQGPAEKK		PPSGSQAPRT		KKQRVTKWQA		SEPAHSVNGE		GGVLASAPDP
PVLRETAQNT		QTGNQQEPSP		NLSREKTREN		VPNSDSQPPP		SCLTTAVPSP
SKPRTAQLVL		QRMQQFKRAD		PERLRHASEE		CSLEAAREEN		VPKDPQEEMM
AGNVYGLGPP		APESDAAVAL		TLQQEFARVG		ASAHDDSLEE		KGLFFCQICQ
KNLSAMNVTR		REQHVNRCLD		EAEKTLRPSV		PQIPECPICG		KPFLTLKSRT
SHLKQCAVKM		EVGPQLLLQA		VRLQTAQPEG		SSSPPMFSFS		DHSRGLKRRG
PTSKKEPRKR		RKVDEAPSED		LLVAMALSRS		EMEPGAAVPA		LRLESAFSER
IRPEAENKSR		KKKPPVSPPL		LLVQDSETTG		RQIEDRVALL		LSEEVELSST
PPLPASRILK		EGWERAGQCP		PPPERKQSFL		WEGSALTGAW		AMEDFYTARL
VPPLVPQRPA		QGLMQEPVPP		LVPPEHSELS		ERRSPALHGT		PTAGCGSRGP
SPSASQREHQ		ALQDLVDLAR		EGLSASPWPG		SGGLAGSEGT		AGLDVVPGGL
PLTGFVVPSQ		DKHPDRGGRT		LLSLGLLVAD		FGAMVNNPHL		SDVQFQTDSG
EVLYAHKFVL		YARCPLLIQY		VNNEGFSAVE		DGVLTQRVLL		GDVSTEAART
FLHYLYTADT		GLPPGLSSEL		SSLAHRFGVS		ELVHLCEQVP		IATDSEGKPW
EEKEAENCES		RAENFQELLR		SMWADEEEEA		ETLLKSKDHE		EDQENVNEAE
MEEIYEFAAT		QRKLLQEERA		AGAGEDADWL		EGGSPVSGQL		LAGVQVQKQW
DKVEEMEPLE		PGRDEAATTW		EKMGQCALPP		PQGQHSGARG		AEAPEQEAPE
EALGHSSCSS		PSRDCQAERK		EGSLPHSDDA		GDYEQLFSST		QGEISEPSQI
TSEPEEQSGA		VRERGLEVSH		RLAPWQASPP		HPCRFLLGPP		QGGSPRGSHH
TSGSSLSTPR		SRGGTSQVGS		PTLLSPAVPS		KQKRDRSILT		LSKEPGHQKG
KERRSVLECR		NKGVLMFPEK		SPSIDLTQSN		PDHSSSRSQK		SSSKLNEEDE
VILLLDSDEE		LELEQTKMKS		ISSDPLEEKK		ALEISPRSCE		LFSIIDVDAD
QEPSQSPPRS		EAVLQQEDEG		ALPENRGSLG		RRGAPWLFCD		RESSPSEAST
TDTSWLVPAT		PLASRSRDCS		SQTQISSLRS		GLAVQAVTQH		TPRASVGNRE
GNEVAQKFSV		IRPQTPPPQT		PSSCLTPVSP		GTSDGRRQGH		RSPSRPHPGG
HPHSSPLAPH		PISGDRAHFS		RRFLKHSPPG		PSFLNQTPAG		EVVEVGDSDD
EQEVASHQAN		RSPPLDSDPP		IPIDDCCWHM		EPLSPIPIDH		WNLERTGPLS
TSSPSRRMNE		AADSRDCRSP		GLLDTTPIRG		SCTTQRKLQE		KSSGAGSLGN
SRPSFLNSAL		WDVWDGEEQR		PPETPPPAQM		PSAGGAQKPE		GLETPKGANR
KKNLPPKVPI		TPMPQYSIME		TPVLKKELDR		FGVRPLPKRQ		MVLKLKEIFQ
YTHQTLDSDS		EDESQSSQPL		LQAPHCQTLA		SQTYKPSRAG		VHAQQEATTG
PGAHRPKGPA		KTKGPRHQRK		HHESITPPSR		SPTKEAPPGL		NDDAQIPASQ
ESVATSVDGS		DSSLSSQSSS		SCEFGAAFES		AGEEEGEGEV		SASQAAVQAA
DTDEALRCYI		RSKPALYQKV		LLYQPFELRE		LQAELRQNGL		RVSSRRLLDF
LDTHCITFTT		AATRREKLQG		RRRQPRGKKK		VERN

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як пошкодження ДНК, репарація ДНК, рекомбінація ДНК, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

• Nagase T., Kikuno R., Ohara O. (2001). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XXII. The complete sequences of 50 new cDNA clones which code for large proteins. DNA Res. 8: 319—327. PMID 11853319 doi:10.1093/dnares/8.6.319
• Nagase T., Nakayama M., Nakajima D., Kikuno R., Ohara O. (2001). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XX. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 8: 85—95. PMID 11347906 doi:10.1093/dnares/8.2.85
• Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 doi:10.1016/j.celrep.2015.02.033

Див. також

• Хромосома 16