CHD4

CHD4
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1MM2, 1MM3, 2EE1, 2L5U, 2L75, 4O9I, 2N5N
Ідентифікатори
Символи	CHD4, CHD-4, Mi-2b, Mi2-BETA, chromodomain helicase DNA binding protein 4, SIHIWES
Зовнішні ІД	OMIM: 603277 MGI: 1344380 HomoloGene: 68175 GeneCards: CHD4
Пов'язані генетичні захворювання
Sifrim-Hitz-Weiss syndrome
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • DNA binding • nucleotide binding • GO:0008026 helicase activity • GO:0004003 DNA helicase activity • transcription factor binding • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleosomal DNA binding • hydrolase activity • ATP binding • histone deacetylase activity • histone deacetylase binding • zinc ion binding Клітинна компонента • цитоплазма • NuRD complex • центросома • мембрана • нуклеоплазма • центр організації мікротрубочок • protein-DNA complex • цитоскелет • клітинне ядро • GO:0009327 protein-containing complex Біологічний процес • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • terminal button organization • histone deacetylation • DNA duplex unwinding • regulation of signal transduction by p53 class mediator • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	1108	107932
Ensembl	ENSG00000111642	ENSMUSG00000063870
UniProt	Q14839	Q6PDQ2
RefSeq (мРНК)	NM_001273 NM_001297553 NM_001363606	NM_145979 NM_001346610
RefSeq (білок)	NP_001264 NP_001284482 NP_001350535	NP_001333539 NP_666091 NP_001390521 NP_001390522 NP_001390523 NP_001390524 NP_001390525 NP_001390526 NP_001390527
Локус (UCSC)	Хр. 12: 6.57 – 6.61 Mb	Хр. 6: 125.07 – 125.11 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

CHD4 (англ. Chromodomain helicase DNA binding protein 4) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 912 амінокислот, а молекулярна маса — 218 005.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MASGLGSPSP		CSAGSEEEDM		DALLNNSLPP		PHPENEEDPE		EDLSETETPK
LKKKKKPKKP		RDPKIPKSKR		QKKERMLLCR		QLGDSSGEGP		EFVEEEEEVA
LRSDSEGSDY		TPGKKKKKKL		GPKKEKKSKS		KRKEEEEEED		DDDDSKEPKS
SAQLLEDWGM		EDIDHVFSEE		DYRTLTNYKA		FSQFVRPLIA		AKNPKIAVSK
MMMVLGAKWR		EFSTNNPFKG		SSGASVAAAA		AAAVAVVESM		VTATEVAPPP
PPVEVPIRKA		KTKEGKGPNA		RRKPKGSPRV		PDAKKPKPKK		VAPLKIKLGG
FGSKRKRSSS		EDDDLDVESD		FDDASINSYS		VSDGSTSRSS		RSRKKLRTTK
KKKKGEEEVT		AVDGYETDHQ		DYCEVCQQGG		EIILCDTCPR		AYHMVCLDPD
MEKAPEGKWS		CPHCEKEGIQ		WEAKEDNSEG		EEILEEVGGD		LEEEDDHHME
FCRVCKDGGE		LLCCDTCPSS		YHIHCLNPPL		PEIPNGEWLC		PRCTCPALKG
KVQKILIWKW		GQPPSPTPVP		RPPDADPNTP		SPKPLEGRPE		RQFFVKWQGM
SYWHCSWVSE		LQLELHCQVM		FRNYQRKNDM		DEPPSGDFGG		DEEKSRKRKN
KDPKFAEMEE		RFYRYGIKPE		WMMIHRILNH		SVDKKGHVHY		LIKWRDLPYD
QASWESEDVE		IQDYDLFKQS		YWNHRELMRG		EEGRPGKKLK		KVKLRKLERP
PETPTVDPTV		KYERQPEYLD		ATGGTLHPYQ		MEGLNWLRFS		WAQGTDTILA
DEMGLGKTVQ		TAVFLYSLYK		EGHSKGPFLV		SAPLSTIINW		EREFEMWAPD
MYVVTYVGDK		DSRAIIRENE		FSFEDNAIRG		GKKASRMKKE		ASVKFHVLLT
SYELITIDMA		ILGSIDWACL		IVDEAHRLKN		NQSKFFRVLN		GYSLQHKLLL
TGTPLQNNLE		ELFHLLNFLT		PERFHNLEGF		LEEFADIAKE		DQIKKLHDML
GPHMLRRLKA		DVFKNMPSKT		ELIVRVELSP		MQKKYYKYIL		TRNFEALNAR
GGGNQVSLLN		VVMDLKKCCN		HPYLFPVAAM		EAPKMPNGMY		DGSALIRASG
KLLLLQKMLK		NLKEGGHRVL		IFSQMTKMLD		LLEDFLEHEG		YKYERIDGGI
TGNMRQEAID		RFNAPGAQQF		CFLLSTRAGG		LGINLATADT		VIIYDSDWNP
HNDIQAFSRA		HRIGQNKKVM		IYRFVTRASV		EERITQVAKK		KMMLTHLVVR
PGLGSKTGSM		SKQELDDILK		FGTEELFKDE		ATDGGGDNKE		GEDSSVIHYD
DKAIERLLDR		NQDETEDTEL		QGMNEYLSSF		KVAQYVVREE		EMGEEEEVER
EIIKQEESVD		PDYWEKLLRH		HYEQQQEDLA		RNLGKGKRIR		KQVNYNDGSQ
EDRDWQDDQS		DNQSDYSVAS		EEGDEDFDER		SEAPRRPSRK		GLRNDKDKPL
PPLLARVGGN		IEVLGFNARQ		RKAFLNAIMR		YGMPPQDAFT		TQWLVRDLRG
KSEKEFKAYV		SLFMRHLCEP		GADGAETFAD		GVPREGLSRQ		HVLTRIGVMS
LIRKKVQEFE		HVNGRWSMPE		LAEVEENKKM		SQPGSPSPKT		PTPSTPGDTQ
PNTPAPVPPA		EDGIKIEENS		LKEEESIEGE		KEVKSTAPET		AIECTQAPAP
ASEDEKVVVE		PPEGEEKVEK		AEVKERTEEP		METEPKGAAD		VEKVEEKSAI
DLTPIVVEDK		EEKKEEEEKK		EVMLQNGETP		KDLNDEKQKK		NIKQRFMFNI
ADGGFTELHS		LWQNEERAAT		VTKKTYEIWH		RRHDYWLLAG		IINHGYARWQ
DIQNDPRYAI		LNEPFKGEMN		RGNFLEIKNK		FLARRFKLLE		QALVIEEQLR
RAAYLNMSED		PSHPSMALNT		RFAEVECLAE		SHQHLSKESM		AGNKPANAVL
HKVLKQLEEL		LSDMKADVTR		LPATIARIPP		VAVRLQMSER		NILSRLANRA
PEPTPQQVAQ		QQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у цитоплазмі, цитоскелеті, ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Tong J.K., Hassig C.A., Schnitzler G.R., Kingston R.E., Schreiber S.L. (1998). Chromatin deacetylation by an ATP-dependent nucleosome remodelling complex. Nature. 395: 917—921. PMID 9804427 DOI:10.1038/27699
• Schmidt D.R., Schreiber S.L. (1999). Molecular association between ATR and two components of the nucleosome remodeling and deacetylating complex, HDAC2 and CHD4. Biochemistry. 38: 14711—14717. PMID 10545197 DOI:10.1021/bi991614n
• Sillibourne J.E., Delaval B., Redick S., Sinha M., Doxsey S.J. (2007). Chromatin remodeling proteins interact with pericentrin to regulate centrosome integrity. Mol. Biol. Cell. 18: 3667—3680. PMID 17626165 DOI:10.1091/mbc.E06-07-0604
• Yuce O., West S.C. (2013). Senataxin, defective in the neurodegenerative disorder ataxia with oculomotor apraxia 2, lies at the interface of transcription and the DNA damage response. Mol. Cell. Biol. 33: 406—417. PMID 23149945 DOI:10.1128/MCB.01195-12
• Impens F., Radoshevich L., Cossart P., Ribet D. (2014). Mapping of SUMO sites and analysis of SUMOylation changes induced by external stimuli. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 111: 12432—12437. PMID 25114211 DOI:10.1073/pnas.1413825111

Див. також

• Хромосома 12