DDX1

DDX1
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	4XW3
Ідентифікатори
Символи	DDX1, DBP-RB, UKVH5d, DEAD/H-box helicase 1, DEAD-box helicase 1
Зовнішні ІД	OMIM: 601257 MGI: 2144727 HomoloGene: 3627 GeneCards: DDX1
Онтологія гена
Молекулярна функція	• RNA helicase activity; • DNA binding; • nucleotide binding; • GO:0008026 helicase activity; • poly(A) binding; • chromatin binding; • GO:0001104 transcription coregulator activity; • DNA/RNA helicase activity; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • nucleic acid binding; • nuclease activity; • double-stranded RNA binding; • exonuclease activity; • hydrolase activity; • ATP binding; • RNA binding;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • мембрана; • нуклеоплазма; • tRNA-splicing ligase complex; • cytoplasmic stress granule; • cleavage body; • клітинне ядро; • гіалоплазма; • ядерце; • мітохондрія; • Рибонуклеопротеїни;
Біологічний процес	• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • response to exogenous dsRNA; • mRNA processing; • response to virus; • protein localization to cytoplasmic stress granule; • transcription, DNA-templated; • multicellular organism development; • spliceosomal complex assembly; • DNA duplex unwinding; • double-strand break repair; • RNA secondary structure unwinding; • regulation of translational initiation; • tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation; • tRNA processing; • nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis; • процес імунної системи; • positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production; • positive regulation of I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling; • вроджений імунітет; • defense response to virus; • regulation of nucleic acid-templated transcription;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	1653
	104721
	ENSG00000079785
	ENSMUSG00000037149
	Q92499
	Q91VR5
	NM_004939
	NM_134040
	NP_004930
	NP_598801
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

DDX1 (англ. DEAD-box helicase 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 740 амінокислот, а молекулярна маса — 82 432^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAAFSEMGVM	PEIAQAVEEM	DWLLPTDIQA	ESIPLILGGG	DVLMAAETGS
GKTGAFSIPV	IQIVYETLKD	QQEGKKGKTT	IKTGASVLNK	WQMNPYDRGS
AFAIGSDGLC	CQSREVKEWH	GCRATKGLMK	GKHYYEVSCH	DQGLCRVGWS
TMQASLDLGT	DKFGFGFGGT	GKKSHNKQFD	NYGEEFTMHD	TIGCYLDIDK
GHVKFSKNGK	DLGLAFEIPP	HMKNQALFPA	CVLKNAELKF	NFGEEEFKFP
PKDGFVALSK	APDGYIVKSQ	HSGNAQVTQT	KFLPNAPKAL	IVEPSRELAE
QTLNNIKQFK	KYIDNPKLRE	LLIIGGVAAR	DQLSVLENGV	DIVVGTPGRL
DDLVSTGKLN	LSQVRFLVLD	EADGLLSQGY	SDFINRMHNQ	IPQVTSDGKR
LQVIVCSATL	HSFDVKKLSE	KIMHFPTWVD	LKGEDSVPDT	VHHVVVPVNP
KTDRLWERLG	KSHIRTDDVH	AKDNTRPGAN	SPEMWSEAIK	ILKGEYAVRA
IKEHKMDQAI	IFCRTKIDCD	NLEQYFIQQG	GGPDKKGHQF	SCVCLHGDRK
PHERKQNLER	FKKGDVRFLI	CTDVAARGID	IHGVPYVINV	TLPDEKQNYV
HRIGRVGRAE	RMGLAISLVA	TEKEKVWYHV	CSSRGKGCYN	TRLKEDGGCT
IWYNEMQLLS	EIEEHLNCTI	SQVEPDIKVP	VDEFDGKVTY	GQKRAAGGGS
YKGHVDILAP	TVQELAALEK	EAQTSFLHLG	YLPNQLFRTF

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, активаторів, геліказ, екзонуклеаз, нуклеаз. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, транскрипція, регуляція транскрипції, процесинг тРНК. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, ДНК, РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

Godbout R., Squire J. (1993). Amplification of a DEAD box protein gene in retinoblastoma cell lines. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90: 7578—7582. PMID 7689221 DOI:10.1073/pnas.90.16.7578
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Chen H.C., Lin W.C., Tsay Y.G., Lee S.C., Chang C.J. (2002). An RNA helicase, DDX1, interacting with poly(A) RNA and heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K. J. Biol. Chem. 277: 40403—40409. PMID 12183465 DOI:10.1074/jbc.M206981200
Li L., Monckton E.A., Godbout R. (2008). A role for DEAD box 1 at DNA double-strand breaks. Mol. Cell. Biol. 28: 6413—6425. PMID 18710941 DOI:10.1128/MCB.01053-08
Popow J., Jurkin J., Schleiffer A., Martinez J. (2014). Analysis of orthologous groups reveals archease and DDX1 as tRNA splicing factors. Nature. 511: 104—107. PMID 24870230 DOI:10.1038/nature13284
Kellner J.N., Meinhart A. (2015). Structure of the SPRY domain of the human RNA helicase DDX1, a putative interaction platform within a DEAD-box protein. Acta Crystallogr. F. 71: 1176—1188. PMID 26323305 DOI:10.1107/S2053230X15013709

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2734 (англ.) . Архів оригіналу за 6 липня 2017. Процитовано 27 лютого 2017. [Архівовано 2017-07-06 у Wayback Machine.]
↑ UniProt, Q92499 (англ.) . Архів оригіналу за 6 травня 2017. Процитовано 27 лютого 2017.

Див. також

Хромосома 2

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2734 (англ.) . Архів оригіналу за 6 липня 2017. Процитовано 27 лютого 2017. [Архівовано 2017-07-06 у Wayback Machine.]

[UniProt-4] UniProt, Q92499 (англ.) . Архів оригіналу за 6 травня 2017. Процитовано 27 лютого 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]