DDX21

DDX21
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2M3D
Ідентифікатори
Символи	DDX21, GUA, GURDB, RH-II/GU, RH-II/GuA, DEAD-box helicase 21, DExD-box helicase 21
Зовнішні ІД	OMIM: 606357 MGI: 1860494 HomoloGene: 3473 GeneCards: DDX21
Реагує на сполуку
Viroporin 3a
Онтологія гена Молекулярна функція • nucleotide binding • rRNA binding • GO:0008026 helicase activity • 7SK snRNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • double-stranded RNA binding • hydrolase activity • ATP binding • snoRNA binding • RNA binding • miRNA binding • identical protein binding Клітинна компонента • мембрана • нуклеоплазма • клітинне ядро • ядерце • цитоплазма • мітохондрія • гіалоплазма Біологічний процес • epigenetic maintenance of chromatin in transcription-competent conformation • response to exogenous dsRNA • response to virus • transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • osteoblast differentiation • RNA secondary structure unwinding • rRNA processing • процес імунної системи • positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production • positive regulation of I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling • вроджений імунітет • defense response to virus Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	9188	56200
Ensembl	ENSG00000165732	ENSMUSG00000020075
UniProt	Q9NR30	Q9JIK5
RefSeq (мРНК)	NM_001256910 NM_004728	NM_019553
RefSeq (білок)	NP_001243839 NP_004719	NP_062426
Локус (UCSC)	Хр. 10: 68.96 – 68.99 Mb	Хр. 10: 62.42 – 62.44 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

DDX21 (англ. DExD-box helicase 21) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 10-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 783 амінокислот, а молекулярна маса — 87 344.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MPGKLRSDAG		LESDTAMKKG		ETLRKQTEEK		EKKEKPKSDK		TEEIAEEEET
VFPKAKQVKK		KAEPSEVDMN		SPKSKKAKKK		EEPSQNDISP		KTKSLRKKKE
PIEKKVVSSK		TKKVTKNEEP		SEEEIDAPKP		KKMKKEKEMN		GETREKSPKL
KNGFPHPEPD		CNPSEAASEE		SNSEIEQEIP		VEQKEGAFSN		FPISEETIKL
LKGRGVTFLF		PIQAKTFHHV		YSGKDLIAQA		RTGTGKTFSF		AIPLIEKLHG
ELQDRKRGRA		PQVLVLAPTR		ELANQVSKDF		SDITKKLSVA		CFYGGTPYGG
QFERMRNGID		ILVGTPGRIK		DHIQNGKLDL		TKLKHVVLDE		VDQMLDMGFA
DQVEEILSVA		YKKDSEDNPQ		TLLFSATCPH		WVFNVAKKYM		KSTYEQVDLI
GKKTQKTAIT		VEHLAIKCHW		TQRAAVIGDV		IRVYSGHQGR		TIIFCETKKE
AQELSQNSAI		KQDAQSLHGD		IPQKQREITL		KGFRNGSFGV		LVATNVAARG
LDIPEVDLVI		QSSPPKDVES		YIHRSGRTGR		AGRTGVCICF		YQHKEEYQLV
QVEQKAGIKF		KRIGVPSATE		IIKASSKDAI		RLLDSVPPTA		ISHFKQSAEK
LIEEKGAVEA		LAAALAHISG		ATSVDQRSLI		NSNVGFVTMI		LQCSIEMPNI
SYAWKELKEQ		LGEEIDSKVK		GMVFLKGKLG		VCFDVPTASV		TEIQEKWHDS
RRWQLSVATE		QPELEGPREG		YGGFRGQREG		SRGFRGQRDG		NRRFRGQREG
SRGPRGQRSG		GGNKSNRSQN		KGQKRSFSKA		FGQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, процесинг рРНК. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, РНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Zhu K., Henning D., Valdez B.C., Busch H. (2001). Human RNA helicase II/Gu gene: genomic organization and promoter analysis. Biochem. Biophys. Res. Commun. 281: 1006—1011. PMID 11237763 DOI:10.1006/bbrc.2001.4446
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Valdez B.C., Henning D., Perumal K., Busch H. (1997). RNA-unwinding and RNA-folding activities of RNA helicase II/Gu--two activities in separate domains of the same protein. Eur. J. Biochem. 250: 800—807. PMID 9461305 DOI:10.1111/j.1432-1033.1997.00800.x
• Henning D., So R.B., Jin R., Lau L.F., Valdez B.C. (2003). Silencing of RNA helicase II/Gualpha inhibits mammalian ribosomal RNA production. J. Biol. Chem. 278: 52307—52314. PMID 14559904 DOI:10.1074/jbc.M310846200
• Cavellan E., Asp P., Percipalle P., Oestlund Farrants A.-K. (2006). The WSTF-SNF2h chromatin remodeling complex interacts with several nuclear proteins in transcription. J. Biol. Chem. 281: 16264—16271. PMID 16603771 DOI:10.1074/jbc.M600233200
• Zhang Y., Baysac K.C., Yee L.F., Saporita A.J., Weber J.D. (2014). Elevated DDX21 regulates c-Jun activity and rRNA processing in human breast cancers. Breast Cancer Res. 16: 449—449. PMID 25260534 DOI:10.1186/s13058-014-0449-z

Див. також

• Хромосома 10