DDX21

DDX21
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	2M3D
Ідентифікатори
Символи	DDX21, GUA, GURDB, RH-II/GU, RH-II/GuA, DEAD-box helicase 21, DExD-box helicase 21
Зовнішні ІД	OMIM: 606357 MGI: 1860494 HomoloGene: 3473 GeneCards: DDX21
Реагує на сполуку
	Viroporin 3a
Онтологія гена
Молекулярна функція	• nucleotide binding; • rRNA binding; • GO:0008026 helicase activity; • 7SK snRNA binding; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • nucleic acid binding; • double-stranded RNA binding; • hydrolase activity; • ATP binding; • snoRNA binding; • RNA binding; • miRNA binding; • identical protein binding;
Клітинна компонента	• мембрана; • нуклеоплазма; • клітинне ядро; • ядерце; • цитоплазма; • мітохондрія; • гіалоплазма;
Біологічний процес	• epigenetic maintenance of chromatin in transcription-competent conformation; • response to exogenous dsRNA; • response to virus; • transcription by RNA polymerase II; • transcription, DNA-templated; • osteoblast differentiation; • RNA secondary structure unwinding; • rRNA processing; • процес імунної системи; • positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production; • positive regulation of I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling; • вроджений імунітет; • defense response to virus;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	9188
	56200
	ENSG00000165732
	ENSMUSG00000020075
	Q9NR30
	Q9JIK5
	NM_001256910; NM_004728
	NM_019553
	NP_001243839; NP_004719
	NP_062426
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

DDX21 (англ. DExD-box helicase 21) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 10-ї хромосоми. ^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 783 амінокислот, а молекулярна маса — 87 344^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MPGKLRSDAG	LESDTAMKKG	ETLRKQTEEK	EKKEKPKSDK	TEEIAEEEET
VFPKAKQVKK	KAEPSEVDMN	SPKSKKAKKK	EEPSQNDISP	KTKSLRKKKE
PIEKKVVSSK	TKKVTKNEEP	SEEEIDAPKP	KKMKKEKEMN	GETREKSPKL
KNGFPHPEPD	CNPSEAASEE	SNSEIEQEIP	VEQKEGAFSN	FPISEETIKL
LKGRGVTFLF	PIQAKTFHHV	YSGKDLIAQA	RTGTGKTFSF	AIPLIEKLHG
ELQDRKRGRA	PQVLVLAPTR	ELANQVSKDF	SDITKKLSVA	CFYGGTPYGG
QFERMRNGID	ILVGTPGRIK	DHIQNGKLDL	TKLKHVVLDE	VDQMLDMGFA
DQVEEILSVA	YKKDSEDNPQ	TLLFSATCPH	WVFNVAKKYM	KSTYEQVDLI
GKKTQKTAIT	VEHLAIKCHW	TQRAAVIGDV	IRVYSGHQGR	TIIFCETKKE
AQELSQNSAI	KQDAQSLHGD	IPQKQREITL	KGFRNGSFGV	LVATNVAARG
LDIPEVDLVI	QSSPPKDVES	YIHRSGRTGR	AGRTGVCICF	YQHKEEYQLV
QVEQKAGIKF	KRIGVPSATE	IIKASSKDAI	RLLDSVPPTA	ISHFKQSAEK
LIEEKGAVEA	LAAALAHISG	ATSVDQRSLI	NSNVGFVTMI	LQCSIEMPNI
SYAWKELKEQ	LGEEIDSKVK	GMVFLKGKLG	VCFDVPTASV	TEIQEKWHDS
RRWQLSVATE	QPELEGPREG	YGGFRGQREG	SRGFRGQRDG	NRRFRGQREG
SRGPRGQRSG	GGNKSNRSQN	KGQKRSFSKA	FGQ

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, процесинг рРНК. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, РНК. Локалізований у ядрі.

Література

Zhu K., Henning D., Valdez B.C., Busch H. (2001). Human RNA helicase II/Gu gene: genomic organization and promoter analysis. Biochem. Biophys. Res. Commun. 281: 1006—1011. PMID 11237763 doi:10.1006/bbrc.2001.4446
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Valdez B.C., Henning D., Perumal K., Busch H. (1997). RNA-unwinding and RNA-folding activities of RNA helicase II/Gu--two activities in separate domains of the same protein. Eur. J. Biochem. 250: 800—807. PMID 9461305 doi:10.1111/j.1432-1033.1997.00800.x
Henning D., So R.B., Jin R., Lau L.F., Valdez B.C. (2003). Silencing of RNA helicase II/Gualpha inhibits mammalian ribosomal RNA production. J. Biol. Chem. 278: 52307—52314. PMID 14559904 doi:10.1074/jbc.M310846200
Cavellan E., Asp P., Percipalle P., Oestlund Farrants A.-K. (2006). The WSTF-SNF2h chromatin remodeling complex interacts with several nuclear proteins in transcription. J. Biol. Chem. 281: 16264—16271. PMID 16603771 doi:10.1074/jbc.M600233200
Zhang Y., Baysac K.C., Yee L.F., Saporita A.J., Weber J.D. (2014). Elevated DDX21 regulates c-Jun activity and rRNA processing in human breast cancers. Breast Cancer Res. 16: 449—449. PMID 25260534 doi:10.1186/s13058-014-0449-z

Примітки

↑ Сполуки, які фізично взаємодіють з DExD-box helicase 21 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2744 (англ.) . Архів оригіналу за 10 вересня 2015. Процитовано 6 лютого 2017. [Архівовано 2015-09-10 у Wayback Machine.]
↑ UniProt, Q9NR30 (англ.) . Архів оригіналу за 9 квітня 2017. Процитовано 6 лютого 2017.

Див. також

Хромосома 10

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

[1] Сполуки, які фізично взаємодіють з DExD-box helicase 21 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Human PubMed Reference:.

[3] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-4] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2744 (англ.) . Архів оригіналу за 10 вересня 2015. Процитовано 6 лютого 2017. [Архівовано 2015-09-10 у Wayback Machine.]

[UniProt-5] UniProt, Q9NR30 (англ.) . Архів оригіналу за 9 квітня 2017. Процитовано 6 лютого 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]