DHX9

DHX9
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 3LLM, 3VYX, 3VYY
Ідентифікатори
Символи	DHX9, DDX9, LKP, NDH2, NDHII, RHA, RNA Helicase A, DEAH-box helicase 9, DExH-box helicase 9
Зовнішні ІД	OMIM: 603115 MGI: 108177 HomoloGene: 1039 GeneCards: DHX9
Онтологія гена Молекулярна функція • RNA helicase activity • nucleotide binding • GO:0008026 helicase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • hydrolase activity • RNA binding • DNA binding • single-stranded DNA binding • double-stranded RNA binding • single-stranded RNA binding • nucleoside-triphosphatase activity • chromatin DNA binding • GO:0033681 3'-5' DNA/RNA helicase activity • GO:0034459 3'-5' RNA helicase activity • triplex DNA binding • nucleoside-triphosphate diphosphatase activity • importin-alpha family protein binding • single-stranded 3'-5' DNA helicase activity • siRNA binding • mRNA binding • RNA stem-loop binding • polysome binding • promoter-specific chromatin binding • RNA polymerase II complex binding • regulatory region RNA binding • GO:0001104 transcription coregulator activity • GO:0001105 transcription coactivator activity • DNA replication origin binding • double-stranded DNA binding • GO:0004003 DNA helicase activity • ATP binding • ATPase activity • RNA polymerase binding • GO:0043140 3'-5' DNA helicase activity • RISC complex binding • sequence-specific mRNA binding • зв'язування з іоном металу • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding Клітинна компонента • CRD-mediated mRNA stability complex • гіалоплазма • центросома • мембрана • cytoplasmic ribonucleoprotein granule • клітинне ядро • ядерце • perichromatin fibrils • цитоплазма • nuclear stress granule • ядерні тільця • polysomal ribosome • Полісома • actin cytoskeleton • RISC-loading complex • нуклеоплазма • центр організації мікротрубочок • цитоскелет • GO:0009327 protein-containing complex • Рибонуклеопротеїни Біологічний процес • CRD-mediated mRNA stabilization • mRNA splicing, via spliceosome • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • ритмічний процес • protein localization to cytoplasmic stress granule • osteoblast differentiation • positive regulation of type I interferon production • RNA secondary structure unwinding • GO:1900404 positive regulation of DNA repair • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • positive regulation of response to cytokine stimulus • cellular response to exogenous dsRNA • Альтернативний сплайсинг • DNA-templated viral transcription • positive regulation of viral transcription • positive regulation of viral translation • positive regulation of cytoplasmic translation • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • DNA duplex unwinding • positive regulation of DNA replication • positive regulation of fibroblast proliferation • regulation of mRNA processing • positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity • cellular response to tumor necrosis factor • positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity • regulation of cytoplasmic translation • positive regulation of interleukin-18 production • G-quadruplex DNA unwinding • positive regulation of innate immune response • positive regulation of RNA export from nucleus • regulation of defense response to virus by host • positive regulation of inflammatory response • Піроптоз • GO:0035087, GO:0035280, GO:0070923 small RNA loading onto RISC • positive regulation of polysome binding • GO:1905618 positive regulation of gene silencing by miRNA • процес імунної системи • реплікація ДНК • transcription, DNA-templated • DNA-templated transcription, termination • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • mRNA processing • regulation of translation • GO:0015915 транспорт • inflammatory response • Сплайсинг РНК • Сайленсинг генів • вроджений імунітет • mRNA transport Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	1660	13211
Ensembl	ENSG00000135829	ENSMUSG00000042699
UniProt	Q08211	O70133
RefSeq (мРНК)	NM_001357 NM_030588	NM_007842
RefSeq (білок)	NP_001348	NP_031868 NP_001392438
Локус (UCSC)	Хр. 1: 182.84 – 182.89 Mb	Хр. 1: 153.33 – 153.36 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

DHX9 (англ. DExH-box helicase 9) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 270 амінокислот, а молекулярна маса — 140 958.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MGDVKNFLYA		WCGKRKMTPS		YEIRAVGNKN		RQKFMCEVQV		EGYNYTGMGN
STNKKDAQSN		AARDFVNYLV		RINEIKSEEV		PAFGVASPPP		LTDTPDTTAN
AEGDLPTTMG		GPLPPHLALK		AENNSEVGAS		GYGVPGPTWD		RGANLKDYYS
RKEEQEVQAT		LESEEVDLNA		GLHGNWTLEN		AKARLNQYFQ		KEKIQGEYKY
TQVGPDHNRS		FIAEMTIYIK		QLGRRIFARE		HGSNKKLAAQ		SCALSLVRQL
YHLGVVEAYS		GLTKKKEGET		VEPYKVNLSQ		DLEHQLQNII		QELNLEILPP
PEDPSVPVAL		NIGKLAQFEP		SQRQNQVGVV		PWSPPQSNWN		PWTSSNIDEG
PLAFATPEQI		SMDLKNELMY		QLEQDHDLQA		ILQERELLPV		KKFESEILEA
ISQNSVVIIR		GATGCGKTTQ		VPQFILDDFI		QNDRAAECNI		VVTQPRRISA
VSVAERVAFE		RGEEPGKSCG		YSVRFESILP		RPHASIMFCT		VGVLLRKLEA
GIRGISHVIV		DEIHERDINT		DFLLVVLRDV		VQAYPEVRIV		LMSATIDTSM
FCEYFFNCPI		IEVYGRTYPV		QEYFLEDCIQ		MTHFVPPPKD		KKKKDKDDDG
GEDDDANCNL		ICGDEYGPET		RLSMSQLNEK		ETPFELIEAL		LKYIETLNVP
GAVLVFLPGW		NLIYTMQKHL		EMNPHFGSHR		YQILPLHSQI		PREEQRKVFD
PVPVGVTKVI		LSTNIAETSI		TINDVVYVID		SCKQKVKLFT		AHNNMTNYAT
VWASKTNLEQ		RKGRAGRVRP		GFCFHLCSRA		RFERLETHMT		PEMFRTPLHE
IALSIKLLRL		GGIGQFLAKA		IEPPPLDAVI		EAEHTLRELD		ALDANDELTP
LGRILAKLPI		EPRFGKMMIM		GCIFYVGDAI		CTIAAATCFP		EPFINEGKRL
GYIHRNFAGN		RFSDHVALLS		VFQAWDDARM		GGEEAEIRFC		EHKRLNMATL
RMTWEAKVQL		KEILINSGFP		EDCLLTQVFT		NTGPDNNLDV		VISLLAFGVY
PNVCYHKEKR		KILTTEGRNA		LIHKSSVNCP		FSSQDMKYPS		PFFVFGEKIR
TRAISAKGMT		LVTPLQLLLF		ASKKVQSDGQ		IVLVDDWIKL		QISHEAAACI
TGLRAAMEAL		VVEVTKQPAI		ISQLDPVNER		MLNMIRQISR		PSAAGINLMI
GSTRYGDGPR		PPKMARYDNG		SGYRRGGSSY		SGGGYGGGYS		SGGYGSGGYG
GSANSFRAGY		GAGVGGGYRG		VSRGGFRGNS		GGDYRGPSGG		YRGSGGFQRG
GGRGAYGTGY		FGQGRGGGGY

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, активаторів, геліказ. Задіяний у такому біологічному процесі як біологічні ритми. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, ДНК, РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Zhang S., Grosse F. (1997). Domain structure of human nuclear DNA helicase II (RNA helicase A). J. Biol. Chem. 272: 11487—11494. PMID 9111062 DOI:10.1074/jbc.272.17.11487
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Pellizzoni L., Charroux B., Rappsilber J., Mann M., Dreyfuss G. (2001). A functional interaction between the survival motor neuron complex and RNA polymerase II. J. Cell Biol. 152: 75—85. PMID 11149922 DOI:10.1083/jcb.152.1.75
• Anderson S.F., Schlegel B.P., Nakajima T., Wolpin E.S., Parvin J.D. (1998). BRCA1 protein is linked to the RNA polymerase II holoenzyme complex via RNA helicase A. Nat. Genet. 19: 254—256. PMID 9662397 DOI:10.1038/930
• Tang H., McDonald D., Middlesworth T., Hope T.J., Wong-Staal F. (1999). The carboxyl terminus of RNA helicase A contains a bidirectional nuclear transport domain. Mol. Cell. Biol. 19: 3540—3550. PMID 10207077 DOI:10.1128/MCB.19.5.3540
• Zhang S., Schlott B., Goerlach M., Grosse F. (2004). DNA-dependent protein kinase (DNA-PK) phosphorylates nuclear DNA helicase II/RNA helicase A and hnRNP proteins in an RNA-dependent manner. Nucleic Acids Res. 32: 1—10. PMID 14704337 DOI:10.1093/nar/gkg933

Див. також

• Хромосома 1