IFIH1

IFIH1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2RQB, 3B6E, 3GA3, 4GL2
Ідентифікатори
Символи	IFIH1, AGS7, Hlcd, IDDM19, MDA-5, MDA5, RLR-2, SGMRT1, interferon induced with helicase C domain 1, IMD95
Зовнішні ІД	OMIM: 606951 MGI: 1918836 HomoloGene: 32535 GeneCards: IFIH1
Пов'язані генетичні захворювання
цукровий діабет 1-го типу, type 1 diabetes mellitus 19, Singleton-Merten syndrome 1, Singleton Merten syndrome, Aicardi-Goutieres syndrome
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • nucleotide binding • GO:0008026 helicase activity • zinc ion binding • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • single-stranded RNA binding • RNA binding • double-stranded RNA binding • ribonucleoprotein complex binding • hydrolase activity • ATP binding • identical protein binding Клітинна компонента • цитоплазма • гіалоплазма • клітинне ядро Біологічний процес • positive regulation of interferon-alpha production • MDA-5 signaling pathway • процес імунної системи • response to virus • protein sumoylation • cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway in response to virus • negative regulation of type I interferon production • detection of virus • GO:0022415 viral process • вроджений імунітет • regulation of type III interferon production • positive regulation of interferon-beta production • protein deubiquitination • positive regulation of response to cytokine stimulus • cellular response to exogenous dsRNA • defense response to virus Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	64135	71586
Ensembl	ENSG00000115267	ENSMUSG00000026896
UniProt	Q9BYX4	Q8R5F7
RefSeq (мРНК)	NM_022168	NM_001164477 NM_027835
RefSeq (білок)	NP_071451	NP_001157949 NP_082111
Локус (UCSC)	Хр. 2: 162.27 – 162.32 Mb	Хр. 2: 62.43 – 62.48 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

IFIH1 (англ. Interferon induced with helicase C domain 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 025 амінокислот, а молекулярна маса — 116 689.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSNGYSTDEN		FRYLISCFRA		RVKMYIQVEP		VLDYLTFLPA		EVKEQIQRTV
ATSGNMQAVE		LLLSTLEKGV		WHLGWTREFV		EALRRTGSPL		AARYMNPELT
DLPSPSFENA		HDEYLQLLNL		LQPTLVDKLL		VRDVLDKCME		EELLTIEDRN
RIAAAENNGN		ESGVRELLKR		IVQKENWFSA		FLNVLRQTGN		NELVQELTGS
DCSESNAEIE		NLSQVDGPQV		EEQLLSTTVQ		PNLEKEVWGM		ENNSSESSFA
DSSVVSESDT		SLAEGSVSCL		DESLGHNSNM		GSDSGTMGSD		SDEENVAARA
SPEPELQLRP		YQMEVAQPAL		EGKNIIICLP		TGSGKTRVAV		YIAKDHLDKK
KKASEPGKVI		VLVNKVLLVE		QLFRKEFQPF		LKKWYRVIGL		SGDTQLKISF
PEVVKSCDII		ISTAQILENS		LLNLENGEDA		GVQLSDFSLI		IIDECHHTNK
EAVYNNIMRH		YLMQKLKNNR		LKKENKPVIP		LPQILGLTAS		PGVGGATKQA
KAEEHILKLC		ANLDAFTIKT		VKENLDQLKN		QIQEPCKKFA		IADATREDPF
KEKLLEIMTR		IQTYCQMSPM		SDFGTQPYEQ		WAIQMEKKAA		KEGNRKERVC
AEHLRKYNEA		LQINDTIRMI		DAYTHLETFY		NEEKDKKFAV		IEDDSDEGGD
DEYCDGDEDE		DDLKKPLKLD		ETDRFLMTLF		FENNKMLKRL		AENPEYENEK
LTKLRNTIME		QYTRTEESAR		GIIFTKTRQS		AYALSQWITE		NEKFAEVGVK
AHHLIGAGHS		SEFKPMTQNE		QKEVISKFRT		GKINLLIATT		VAEEGLDIKE
CNIVIRYGLV		TNEIAMVQAR		GRARADESTY		VLVAHSGSGV		IEHETVNDFR
EKMMYKAIHC		VQNMKPEEYA		HKILELQMQS		IMEKKMKTKR		NIAKHYKNNP
SLITFLCKNC		SVLACSGEDI		HVIEKMHHVN		MTPEFKELYI		VRENKALQKK
CADYQINGEI		ICKCGQAWGT		MMVHKGLDLP		CLKIRNFVVV		FKNNSTKKQY
KKWVELPITF		PNLDYSECCL		FSDED

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як імунітет, вроджений імунітет, взаємодія хазяїн-вірус, антивірусний захист, поліморфізм, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, іонами металів, іоном цинку, РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
• Bamming D., Horvath C.M. (2009). Regulation of signal transduction by enzymatically inactive antiviral RNA helicase proteins MDA5, RIG-I, and LGP2. J. Biol. Chem. 284: 9700—9712. PMID 19211564 doi:10.1074/jbc.M807365200
• Loo Y.M., Gale M. Jr. (2011). Immune signaling by RIG-I-like receptors. Immunity. 34: 680—692. PMID 21616437 doi:10.1016/j.immuni.2011.05.003
• Kato H., Takahasi K., Fujita T. (2011). RIG-I-like receptors: cytoplasmic sensors for non-self RNA. Immunol. Rev. 243: 91—98. PMID 21884169 doi:10.1111/j.1600-065X.2011.01052.x
• Onoguchi K., Yoneyama M., Fujita T. (2011). Retinoic acid-inducible gene-I-like receptors. J. Interferon Cytokine Res. 31: 27—31. PMID 20950133 doi:10.1089/jir.2010.0057
• Miyashita M., Oshiumi H., Matsumoto M., Seya T. (2011). DDX60, a DEXD/H box helicase, is a novel antiviral factor promoting RIG-I-like receptor-mediated signaling. Mol. Cell. Biol. 31: 3802—3819. PMID 21791617 doi:10.1128/MCB.01368-10

Див. також

• Хромосома 2