JMJD6

JMJD6
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	3K2O, 3LD8, 3LDB
Ідентифікатори
Символи	JMJD6, PSR, PTDSR, PTDSR1, arginine demethylase and lysine hydroxylase, jumonji domain containing 6, arginine demethylase and lysine hydroxylase
Зовнішні ІД	OMIM: 604914 MGI: 1858910 HomoloGene: 9046 GeneCards: JMJD6
Онтологія гена
Молекулярна функція	• iron ion binding; • protein homodimerization activity; • dioxygenase activity; • зв'язування з іоном металу; • histone H3-methyl-arginine-2 demethylase activity; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • histone H3-methyl-arginine-3 demethylase activity; • single-stranded RNA binding; • RNA binding; • identical protein binding; • oxidoreductase activity; • peptidyl-lysine 5-dioxygenase activity; • histone demethylase activity; • signaling receptor activity; • GO:0001105 transcription coactivator activity; • demethylase activity; • oxidative RNA demethylase activity; • P-TEFb complex binding;
Клітинна компонента	• гіалоплазма; • клітинна мембрана; • нуклеоплазма; • ядерце; • клітинне ядро; • Рибонуклеопротеїни; • цитоплазма;
Біологічний процес	• recognition of apoptotic cell; • диференціація клітин; • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • T cell differentiation in thymus; • розвиток нирки; • lung development; • histone H3-R2 demethylation; • mRNA processing; • sprouting angiogenesis; • regulation of mRNA splicing, via spliceosome; • transcription, DNA-templated; • histone H4-R3 demethylation; • multicellular organism development; • apoptotic cell clearance; • heart development; • cell surface receptor signaling pathway; • blood vessel development; • retina development in camera-type eye; • Сплайсинг РНК; • macrophage activation; • peptidyl-lysine hydroxylation to 5-hydroxy-L-lysine; • erythrocyte development; • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization; • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated; • protein demethylation; • oxidative RNA demethylation; • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II; • protein homooligomerization;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	; ;
	Більше даних
Ортологи
	23210
	107817
	ENSG00000070495
	ENSMUSG00000056962
	Q6NYC1
	Q9ERI5
	NM_001081461; NM_015167
	NM_033398; NM_001363363
	NP_001074930; NP_055982
	NP_203971; NP_001350292
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

JMJD6 (англ. Arginine demethylase and lysine hydroxylase) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 403 амінокислот, а молекулярна маса — 46 462^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MNHKSKKRIR	EAKRSARPEL	KDSLDWTRHN	YYESFSLSPA	AVADNVERAD
ALQLSVEEFV	ERYERPYKPV	VLLNAQEGWS	AQEKWTLERL	KRKYRNQKFK
CGEDNDGYSV	KMKMKYYIEY	MESTRDDSPL	YIFDSSYGEH	PKRRKLLEDY
KVPKFFTDDL	FQYAGEKRRP	PYRWFVMGPP	RSGTGIHIDP	LGTSAWNALV
QGHKRWCLFP	TSTPRELIKV	TRDEGGNQQD	EAITWFNVIY	PRTQLPTWPP
EFKPLEILQK	PGETVFVPGG	WWHVVLNLDT	TIAITQNFAS	STNFPVVWHK
TVRGRPKLSR	KWYRILKQEH	PELAVLADSV	DLQESTGIAS	DSSSDSSSSS
SSSSSDSDSE	CESGSEGDGT	VHRRKKRRTC	SMVGNGDTTS	QDDCVSKERS
SSR

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, регуляторів хроматину, білків розвитку, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, транскрипція, регуляція транскрипції, диференціація клітин, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном заліза, РНК. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Cui P., Qin B., Liu N., Pan G., Pei D. (2004). Nuclear localization of the phosphatidylserine receptor protein via multiple nuclear localization signals. Exp. Cell Res. 293: 154—163. PMID 14729065 doi:10.1016/j.yexcr.2003.09.023
Chang B., Chen Y., Zhao Y., Bruick R.K. (2007). JMJD6 is a histone arginine demethylase. Science. 318: 444—447. PMID 17947579 doi:10.1126/science.1145801

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:19355 (англ.) . Процитовано 12 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, Q6NYC1 (англ.) . Архів оригіналу за 21 вересня 2017. Процитовано 12 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 17

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:19355 (англ.) . Процитовано 12 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)

[UniProt-4] UniProt, Q6NYC1 (англ.) . Архів оригіналу за 21 вересня 2017. Процитовано 12 вересня 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]