KDM2B

KDM2B
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 4O64
Ідентифікатори
Символи	KDM2B, CXXC2, FBXL10, Fbl10, JHDM1B, PCCX2, lysine demethylase 2B
Зовнішні ІД	OMIM: 609078 MGI: 1354737 HomoloGene: 13069 GeneCards: KDM2B
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • rRNA binding • zinc ion binding • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • histone demethylase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • histone H3-methyl-lysine-36 demethylase activity • RNA binding • oxidoreductase activity • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding Клітинна компонента • нуклеоплазма • ядерце • PcG protein complex • клітинне ядро • хромосома Біологічний процес • GO:1904089 negative regulation of neuron apoptotic process • midbrain-hindbrain boundary morphogenesis • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • lateral ventricle development • histone H2A monoubiquitination • negative regulation of neural precursor cell proliferation • hindbrain development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • third ventricle development • positive regulation of cell growth • embryonic camera-type eye morphogenesis • histone H3-K36 demethylation • Сперматогенез • forebrain development • positive regulation of stem cell population maintenance • initiation of neural tube closure • midbrain development • fourth ventricle development • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	84678	30841
Ensembl	ENSG00000089094	ENSMUSG00000029475
UniProt	Q8NHM5	Q6P1G2
RefSeq (мРНК)	NM_001005366 NM_032590	NM_001003953 NM_001005866 NM_013910 NM_001378863 NM_001378864 NM_001378865
RefSeq (білок)	NP_001005366 NP_115979	NP_001003953 NP_038938 NP_001365792 NP_001365793 NP_001365794
Локус (UCSC)	Хр. 12: 121.43 – 121.58 Mb	Хр. 5: 123.01 – 123.13 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

KDM2B (англ. Lysine demethylase 2B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 336 амінокислот, а молекулярна маса — 152 615.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAGPQMGGSA		EDHPPRKRHA		AEKQKKKTVI		YTKCFEFESA		TQRPIDRQRY
DENEDLSDVE		EIVSVRGFSL		EEKLRSQLYQ		GDFVHAMEGK		DFNYEYVQRE
ALRVPLIFRE		KDGLGIKMPD		PDFTVRDVKL		LVGSRRLVDV		MDVNTQKGTE
MSMSQFVRYY		ETPEAQRDKL		YNVISLEFSH		TKLEHLVKRP		TVVDLVDWVD
NMWPQHLKEK		QTEATNAIAE		MKYPKVKKYC		LMSVKGCFTD		FHIDFGGTSV
WYHVFRGGKI		FWLIPPTLHN		LALYEEWVLS		GKQSDIFLGD		RVERCQRIEL
KQGYTFFIPS		GWIHAVYTPV		DSLVFGGNIL		HSFNVPMQLR		IYEIEDRTRV
QPKFRYPFYY		EMCWYVLERY		VYCVTQRSHL		TQEYQRESML		IDAPRKPSID
GFSSDSWLEM		EEEACDQQPQ		EEEEKDEEGE		GRDRAPKPPT		DGSTSPTSTP
SEDQEALGKK		PKAPALRFLK		RTLSNESEES		VKSTTLAVDY		PKTPTGSPAT
EVSAKWTHLT		EFELKGLKAL		VEKLESLPEN		KKCVPEGIED		PQALLEGVKN
VLKEHADDDP		SLAITGVPVV		TWPKKTPKNR		AVGRPKGKLG		PASAVKLAAN
RTTAGARRRR		TRCRKCEACL		RTECGECHFC		KDMKKFGGPG		RMKQSCIMRQ
CIAPVLPHTA		VCLVCGEAGK		EDTVEEEEGK		FNLMLMECSI		CNEIIHPGCL
KIKESEGVVN		DELPNCWECP		KCNHAGKTGK		QKRGPGFKYA		SNLPGSLLKE
QKMNRDNKEG		QEPAKRRSEC		EEAPRRRSDE		HSKKVPPDGL		LRRKSDDVHL
RKKRKYEKPQ		ELSGRKRASS		LQTSPGSSSH		LSPRPPLGSS		LSPWWRSSLT
YFQQQLKPGK		EDKLFRKKRR		SWKNAEDRMA		LANKPLRRFK		QEPEDELPEA
PPKTRESDHS		RSSSPTAGPS		TEGAEGPEEK		KKVKMRRKRR		LPNKELSREL
SKELNHEIQR		TENSLANENQ		QPIKSEPESE		GEEPKRPPGI		CERPHRFSKG
LNGTPRELRH		QLGPSLRSPP		RVISRPPPSV		SPPKCIQMER		HVIRPPPISP
PPDSLPLDDG		AAHVMHREVW		MAVFSYLSHQ		DLCVCMRVCR		TWNRWCCDKR
LWTRIDLNHC		KSITPLMLSG		IIRRQPVSLD		LSWTNISKKQ		LSWLINRLPG
LRDLVLSGCS		WIAVSALCSS		SCPLLRTLDV		QWVEGLKDAQ		MRDLLSPPTD
NRPGQMDNRS		KLRNIVELRL		AGLDITDASL		RLIIRHMPLL		SKLHLSYCNH
VTDQSINLLT		AVGTTTRDSL		TEINLSDCNK		VTDQCLSFFK		RCGNICHIDL
RYCKQVTKEG		CEQFIAEMSV		SVQFGQVEEK		LLQKLS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, репресорів, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, убіквітинування білків, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза, РНК, рРНК. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Frescas D., Guardavaccaro D., Bassermann F., Koyama-Nasu R., Pagano M. (2007). JHDM1B/FBXL10 is a nucleolar protein that represses transcription of ribosomal RNA genes. Nature. 450: 309—313. PMID 17994099 DOI:10.1038/nature06255
• Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033

Див. також

• Хромосома 12