KDM4A

KDM4A
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2GF7, 2GFA, 2GP3, 2GP5, 2OQ6, 2OQ7, 2OS2, 2OT7, 2OX0, 2P5B, 2PXJ, 2Q8C, 2Q8D, 2Q8E, 2QQR, 2QQS, 2VD7, 2WWJ, 2YBK, 2YBP, 2YBS, 3NJY, 3PDQ, 3RVH, 3U4S, 4AI9, 4BIS, 4GD4, 4URA, 4V2V, 4V2W, 5D6X, 5F5I, 5A7S, 5F2S, 5A7N, 5A7Q, 5A7O, 5F2W, 5D6W, 5F32, 5FPV, 5A7P, 5A7W, 5F3I, 5A80, 5F37, 5F3E, 5F39, 5F3G, 5F3C, 5D6Y, 5FYC, 5FYI, 5FY8, 5FWE, 5ANQ, 5FYH
Ідентифікатори
Символи	KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, TDRD14A, lysine demethylase 4A
Зовнішні ІД	OMIM: 609764 MGI: 2446210 HomoloGene: 27780 GeneCards: KDM4A
Онтологія гена Молекулярна функція • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • methylated histone binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • histone H3-methyl-lysine-36 demethylase activity • oxidoreductase activity • ubiquitin protein ligase binding • histone H3-methyl-lysine-9 demethylase activity • zinc ion binding • histone demethylase activity • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • chromatin binding Клітинна компонента • нуклеоплазма • fibrillar center • гіалоплазма • клітинне ядро • pericentric heterochromatin • цитоплазма • histone methyltransferase complex Біологічний процес • histone demethylation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of gene expression • transcription, DNA-templated • GO:0022415 viral process • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of autophagy • histone H3-K9 demethylation • histone H3-K36 demethylation • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:1901313 positive regulation of gene expression • cardiac muscle hypertrophy in response to stress • response to nutrient levels • positive regulation of neuron differentiation • negative regulation of astrocyte differentiation • negative regulation of cell death • negative regulation of histone H3-K9 trimethylation • ремоделювання хроматину Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	9682	230674
Ensembl	ENSG00000066135	ENSMUSG00000033326
UniProt	O75164	Q8BW72
RefSeq (мРНК)	NM_014663	NM_001161823 NM_172382
RefSeq (білок)	NP_055478	NP_001155295 NP_759014
Локус (UCSC)	Хр. 1: 43.65 – 43.71 Mb	Хр. 4: 117.99 – 118.04 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

KDM4A (англ. Lysine demethylase 4A) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 064 амінокислот, а молекулярна маса — 120 662.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MASESETLNP		SARIMTFYPT		MEEFRNFSRY		IAYIESQGAH		RAGLAKVVPP
KEWKPRASYD		DIDDLVIPAP		IQQLVTGQSG		LFTQYNIQKK		AMTVREFRKI
ANSDKYCTPR		YSEFEELERK		YWKNLTFNPP		IYGADVNGTL		YEKHVDEWNI
GRLRTILDLV		EKESGITIEG		VNTPYLYFGM		WKTSFAWHTE		DMDLYSINYL
HFGEPKSWYS		VPPEHGKRLE		RLAKGFFPGS		AQSCEAFLRH		KMTLISPLML
KKYGIPFDKV		TQEAGEFMIT		FPYGYHAGFN		HGFNCAESTN		FATRRWIEYG
KQAVLCSCRK		DMVKISMDVF		VRKFQPERYK		LWKAGKDNTV		IDHTLPTPEA
AEFLKESELP		PRAGNEEECP		EEDMEGVEDG		EEGDLKTSLA		KHRIGTKRHR
VCLEIPQEVS		QSELFPKEDL		SSEQYEMTEC		PAALAPVRPT		HSSVRQVEDG
LTFPDYSDST		EVKFEELKNV		KLEEEDEEEE		QAAAALDLSV		NPASVGGRLV
FSGSKKKSSS		SLGSGSSRDS		ISSDSETSEP		LSCRAQGQTG		VLTVHSYAKG
DGRVTVGEPC		TRKKGSAARS		FSERELAEVA		DEYMFSLEEN		KKSKGRRQPL
SKLPRHHPLV		LQECVSDDET		SEQLTPEEEA		EETEAWAKPL		SQLWQNRPPN
FEAEKEFNET		MAQQAPHCAV		CMIFQTYHQV		EFGGFNQNCG		NASDLAPQKQ
RTKPLIPEMC		FTSTGCSTDI		NLSTPYLEED		GTSILVSCKK		CSVRVHASCY
GVPPAKASED		WMCSRCSANA		LEEDCCLCSL		RGGALQRAND		DRWVHVSCAV
AILEARFVNI		AERSPVDVSK		IPLPRFKLKC		IFCKKRRKRT		AGCCVQCSHG
RCPTAFHVSC		AQAAGVMMQP		DDWPFVVFIT		CFRHKIPNLE		RAKGALQSIT
AGQKVISKHK		NGRFYQCEVV		RLTTETFYEV		NFDDGSFSDN		LYPEDIVSQD
CLQFGPPAEG		EVVQVRWTDG		QVYGAKFVAS		HPIQMYQVEF		EDGSQLVVKR
DDVYTLDEEL		PKRVKSRLSV		ASDMRFNEIF		TEKEVKQEKK		RQRVINSRYR
EDYIEPALYR		AIME

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як взаємодія хазяїн-вірус, транскрипція, регуляція транскрипції, поліморфізм, ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Zhang D., Yoon H.-G., Wong J. (2005). JMJD2A is a novel N-CoR-interacting protein and is involved in repression of the human transcription factor achaete scute-like homologue 2 (ASCL2/Hash2). Mol. Cell. Biol. 25: 6404—6414. PMID 16024779 DOI:10.1128/MCB.25.15.6404-6414.2005
• Verrier L., Escaffit F., Chailleux C., Trouche D., Vandromme M. (2011). A new isoform of the histone demethylase JMJD2A/KDM4A is required for skeletal muscle differentiation. PLoS Genet. 7: E1001390—E1001390. PMID 21694756 DOI:10.1371/journal.pgen.1001390
• Huang Y., Fang J., Bedford M.T., Zhang Y., Xu R.-M. (2006). Recognition of histone H3 lysine-4 methylation by the double Tudor domain of JMJD2A. Science. 312: 748—751. PMID 16601153 DOI:10.1126/science.1125162

Див. також

• Хромосома 1