LIG3

LIG3
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1IMO, 1IN1, 1UW0, 3L2P, 3PC7, 3PC8, 3QVG
Ідентифікатори
Символи	LIG3, LIG2, DNA ligase 3, LIG3alpha, MTDPS20
Зовнішні ІД	OMIM: 600940 MGI: 109152 HomoloGene: 32109 GeneCards: LIG3
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • nucleotide binding • zinc ion binding • зв'язування з іоном металу • ligase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • DNA ligase activity • ATP binding • DNA ligase (ATP) activity Клітинна компонента • DNA ligase III-XRCC1 complex • нуклеоплазма • клітинне ядро • мітохондрія • цитоплазма Біологічний процес • nucleotide-excision repair, DNA gap filling • DNA recombination • lagging strand elongation • DNA biosynthetic process • mitochondrial DNA repair • mitochondrion organization • double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining • negative regulation of mitochondrial DNA replication • cellular response to DNA damage stimulus • поділ клітини • DNA ligation • реплікація ДНК • double-strand break repair via homologous recombination • V(D)J-рекомбінація • DNA ligation involved in DNA repair • клітинний цикл • transcription-coupled nucleotide-excision repair • double-strand break repair • GO:0100026 Репарація ДНК • base-excision repair, DNA ligation Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	3980	16882
Ensembl	ENSG00000005156	ENSMUSG00000020697
UniProt	P49916	P97386
RefSeq (мРНК)	NM_002311 NM_013975	NM_001291245 NM_001291246 NM_001291247 NM_010716
RefSeq (білок)	NP_002302 NP_039269	н/д
Локус (UCSC)	Хр. 17: 34.98 – 35.01 Mb	Хр. 11: 82.67 – 82.7 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

LIG3 (англ. DNA ligase 3) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 009 амінокислот, а молекулярна маса — 112 907.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSLAFKIFFP		QTLRALSRKE		LCLFRKHHWR		DVRQFSQWSE		TDLLHGHPLF
LRRKPVLSFQ		GSHLRSRATY		LVFLPGLHVG		LCSGPCEMAE		QRFCVDYAKR
GTAGCKKCKE		KIVKGVCRIG		KVVPNPFSES		GGDMKEWYHI		KCMFEKLERA
RATTKKIEDL		TELEGWEELE		DNEKEQITQH		IADLSSKAAG		TPKKKAVVQA
KLTTTGQVTS		PVKGASFVTS		TNPRKFSGFS		AKPNNSGEAP		SSPTPKRSLS
SSKCDPRHKD		CLLREFRKLC		AMVADNPSYN		TKTQIIQDFL		RKGSAGDGFH
GDVYLTVKLL		LPGVIKTVYN		LNDKQIVKLF		SRIFNCNPDD		MARDLEQGDV
SETIRVFFEQ		SKSFPPAAKS		LLTIQEVDEF		LLRLSKLTKE		DEQQQALQDI
ASRCTANDLK		CIIRLIKHDL		KMNSGAKHVL		DALDPNAYEA		FKASRNLQDV
VERVLHNAQE		VEKEPGQRRA		LSVQASLMTP		VQPMLAEACK		SVEYAMKKCP
NGMFSEIKYD		GERVQVHKNG		DHFSYFSRSL		KPVLPHKVAH		FKDYIPQAFP
GGHSMILDSE		VLLIDNKTGK		PLPFGTLGVH		KKAAFQDANV		CLFVFDCIYF
NDVSLMDRPL		CERRKFLHDN		MVEIPNRIMF		SEMKRVTKAL		DLADMITRVI
QEGLEGLVLK		DVKGTYEPGK		RHWLKVKKDY		LNEGAMADTA		DLVVLGAFYG
QGSKGGMMSI		FLMGCYDPGS		QKWCTVTKCA		GGHDDATLAR		LQNELDMVKI
SKDPSKIPSW		LKVNKIYYPD		FIVPDPKKAA		VWEITGAEFS		KSEAHTADGI
SIRFPRCTRI		RDDKDWKSAT		NLPQLKELYQ		LSKEKADFTV		VAGDEGSSTT
GGSSEENKGP		SGSAVSRKAP		SKPSASTKKA		EGKLSNSNSK		DGNMQTAKPS
AMKVGEKLAT		KSSPVKVGEK		RKAADETLCQ		TKVLLDIFTG		VRLYLPPSTP
DFSRLRRYFV		AFDGDLVQEF		DMTSATHVLG		SRDKNPAAQQ		VSPEWIWACI
RKRRLVAPC

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до лігаз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як клітинний цикл, поділ клітини, пошкодження ДНК, репарація ДНК, рекомбінація ДНК, реплікація ДНК, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, іонами металів, іоном цинку, іоном магнію. Локалізований у ядрі, мітохондрії.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
• Lakshmipathy U., Campbell C. (1999). The human DNA ligase III gene encodes nuclear and mitochondrial proteins. Mol. Cell. Biol. 19: 3869—3876. PMID 10207110 doi:10.1128/MCB.19.5.3869
• Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 doi:10.1038/nbt1240
• Kulczyk A.W., Yang J.C., Neuhaus D. (2004). Solution structure and DNA binding of the zinc-finger domain from DNA ligase IIIalpha. J. Mol. Biol. 341: 723—738. PMID 15288782 doi:10.1016/j.jmb.2004.06.035
• Cuneo M.J., Gabel S.A., Krahn J.M., Ricker M.A., London R.E. (2011). The structural basis for partitioning of the XRCC1/DNA ligase III-? BRCT-mediated dimer complexes. Nucleic Acids Res. 39: 7816—7827. PMID 21652643 doi:10.1093/nar/gkr419

Див. також

• Хромосома 17