LIG4

LIG4
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1IK9, 2E2W, 3II6, 3VNN, 3W1B, 3W1G, 3W5O, 4HTO, 4HTP
Ідентифікатори
Символи	LIG4, LIG4S, DNA ligase 4
Зовнішні ІД	OMIM: 601837 MGI: 1335098 HomoloGene: 1736 GeneCards: LIG4
Пов'язані генетичні захворювання
DNA ligase IV deficiency
Онтологія гена Молекулярна функція • nucleotide binding • зв'язування з іоном металу • protein C-terminus binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • ATP binding • DNA ligase (ATP) activity • ligase activity • DNA binding • DNA ligase activity Клітинна компонента • нуклеоплазма • DNA ligase IV complex • nonhomologous end joining complex • condensed chromosome • клітинне ядро • DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex • цитоплазма • cytoplasmic ribonucleoprotein granule Біологічний процес • nucleotide-excision repair, DNA gap filling • double-strand break repair via classical nonhomologous end joining • response to ionizing radiation • DNA recombination • lagging strand elongation • DNA biosynthetic process • cellular response to lithium ion • single strand break repair • cellular response to DNA damage stimulus • поділ клітини • реплікація ДНК • GO:1903310 positive regulation of chromosome organization • establishment of integrated proviral latency • клітинний цикл • response to X-ray • positive regulation of neurogenesis • DNA ligation involved in DNA recombination • DNA ligation • DNA ligation involved in DNA repair • somatic stem cell population maintenance • GO:0051312, GO:0007083 chromosome organization • T cell receptor V(D)J recombination • neuron apoptotic process • Перемикання класу імуноглобулінів • T cell differentiation in thymus • central nervous system development • immunoglobulin V(D)J recombination • double-strand break repair via nonhomologous end joining • positive regulation of fibroblast proliferation • in utero embryonic development • проліферація • V(D)J-рекомбінація • pro-B cell differentiation • GO:0100026 Репарація ДНК • response to gamma radiation • double-strand break repair • GO:1904089 negative regulation of neuron apoptotic process • cellular response to ionizing radiation Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	3981	319583
Ensembl	ENSG00000174405	ENSMUSG00000049717
UniProt	P49917	Q8BTF7
RefSeq (мРНК)	NM_001098268 NM_002312 NM_206937 NM_001330595 NM_001352598 NM_001352599 NM_001352600 NM_001352601 NM_001352602 NM_001352603 NM_001352604 NM_001379095	NM_176953 NM_001377042
RefSeq (білок)	NP_001091738 NP_001317524 NP_002303 NP_996820 NP_001339527 NP_001339528 NP_001339529 NP_001339530 NP_001339531 NP_001339532 NP_001339533 NP_001366024	NP_795927 NP_001363971
Локус (UCSC)	Хр. 13: 108.21 – 108.22 Mb	Хр. 8: 10.02 – 10.03 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

LIG4 (англ. DNA ligase 4) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 13-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 911 амінокислот, а молекулярна маса — 103 971.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAASQTSQTV		ASHVPFADLC		STLERIQKSK		GRAEKIRHFR		EFLDSWRKFH
DALHKNHKDV		TDSFYPAMRL		ILPQLERERM		AYGIKETMLA		KLYIELLNLP
RDGKDALKLL		NYRTPTGTHG		DAGDFAMIAY		FVLKPRCLQK		GSLTIQQVND
LLDSIASNNS		AKRKDLIKKS		LLQLITQSSA		LEQKWLIRMI		IKDLKLGVSQ
QTIFSVFHND		AAELHNVTTD		LEKVCRQLHD		PSVGLSDISI		TLFSAFKPML
AAIADIEHIE		KDMKHQSFYI		ETKLDGERMQ		MHKDGDVYKY		FSRNGYNYTD
QFGASPTEGS		LTPFIHNAFK		ADIQICILDG		EMMAYNPNTQ		TFMQKGTKFD
IKRMVEDSDL		QTCYCVFDVL		MVNNKKLGHE		TLRKRYEILS		SIFTPIPGRI
EIVQKTQAHT		KNEVIDALNE		AIDKREEGIM		VKQPLSIYKP		DKRGEGWLKI
KPEYVSGLMD		ELDILIVGGY		WGKGSRGGMM		SHFLCAVAEK		PPPGEKPSVF
HTLSRVGSGC		TMKELYDLGL		KLAKYWKPFH		RKAPPSSILC		GTEKPEVYIE
PCNSVIVQIK		AAEIVPSDMY		KTGCTLRFPR		IEKIRDDKEW		HECMTLDDLE
QLRGKASGKL		ASKHLYIGGD		DEPQEKKRKA		APKMKKVIGI		IEHLKAPNLT
NVNKISNIFE		DVEFCVMSGT		DSQPKPDLEN		RIAEFGGYIV		QNPGPDTYCV
IAGSENIRVK		NIILSNKHDV		VKPAWLLECF		KTKSFVPWQP		RFMIHMCPST
KEHFAREYDC		YGDSYFIDTD		LNQLKEVFSG		IKNSNEQTPE		EMASLIADLE
YRYSWDCSPL		SMFRRHTVYL		DSYAVINDLS		TKNEGTRLAI		KALELRFHGA
KVVSCLAEGV		SHVIIGEDHS		RVADFKAFRR		TFKRKFKILK		ESWVTDSIDK
CELQEENQYL		I

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до лігаз. Задіяний у таких біологічних процесах, як клітинний цикл, поділ клітини, пошкодження ДНК, репарація ДНК, рекомбінація ДНК, реплікація ДНК. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, іонами металів, іоном магнію. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
• Robins P., Lindahl T. (1996). DNA ligase IV from HeLa cell nuclei. J. Biol. Chem. 271: 24257—24261. PMID 8798671 doi:10.1074/jbc.271.39.24257
• Grawunder U., Zimmer D., Fugmann S., Schwarz K., Lieber M.R. (1998). DNA ligase IV is essential for V(D)J recombination and DNA double-strand break repair in human precursor lymphocytes. Mol. Cell. 2: 477—484. PMID 9809069 doi:10.1016/S1097-2765(00)80147-1
• Critchlow S.E., Bowater R.P., Jackson S.P. (1997). Mammalian DNA double-strand break repair protein XRCC4 interacts with DNA ligase IV. Curr. Biol. 7: 588—598. PMID 9259561 doi:10.1016/S0960-9822(06)00258-2
• Chen L., Trujillo K., Sung P., Tomkinson A.E. (2000). Interactions of the DNA ligase IV-XRCC4 complex with DNA ends and the DNA-dependent protein kinase. J. Biol. Chem. 275: 26196—26205. PMID 10854421 doi:10.1074/jbc.M000491200
• Calsou P., Delteil C., Frit P., Drouet J., Salles B. (2003). Coordinated assembly of Ku and p460 subunits of the DNA-dependent protein kinase on DNA ends is necessary for XRCC4-ligase IV recruitment. J. Mol. Biol. 326: 93—103. PMID 12547193 doi:10.1016/S0022-2836(02)01328-1

Див. також

• Хромосома 13