PBRM1

PBRM1
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	3G0J, 3HMF, 3IU5, 3IU6, 3K2J, 3LJW, 3MB4, 3TLP, 4Q0N, 4Q0O, 4Y03, 5IID, 5FH7, 5II1, 5II2, 5FH6, 5FH8
Ідентифікатори
Символи	PBRM1, BAF180, PB1, polybromo 1, SMARCH1, RCC
Зовнішні ІД	OMIM: 606083 MGI: 1923998 HomoloGene: 10044 GeneCards: PBRM1
Пов'язані генетичні захворювання
	афективні розлади, nonpapillary renal cell carcinoma
Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding; • chromatin binding; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • DNA translocase activity;
Клітинна компонента	• nuclear chromosome; • клітинне ядро; • нуклеоплазма; • RSC-type complex;
Біологічний процес	• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • transcription, DNA-templated; • negative regulation of cell population proliferation; • GO:0007067 мітоз; • ремоделювання хроматину; • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization; • nucleosome disassembly; • transcription elongation from RNA polymerase II promoter;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	55193
	66923
	ENSG00000163939
	ENSMUSG00000042323
	Q86U86
	Q8BSQ9
NM_018165; NM_018313; NM_181041; NM_181042; NM_001350074;
	NM_001350075; NM_001350076; NM_001350077; NM_001350078; NM_001350079; NM_001366070; NM_001366071; NM_001366072; NM_001366073; NM_001366074; NM_001366075; NM_001366076; NM_001394867; NM_001394868; NM_001394869; NM_001394870; NM_001394871; NM_001394872; NM_001394873; NM_001394874; NM_001394875; NM_001394877; NM_001394878; NM_001394879; NM_001394880; NM_001394881; NM_001394876; NM_001400470; NM_001400471; NM_001400472; NM_001400473; NM_001400474; NM_001400475; NM_001400479; NM_001400481; NM_001400484; NM_001400487; NM_001400490; NM_001400496; NM_001400500; NM_001400501; NM_001400504
NM_001081251; NM_025847; NM_001359854; NM_001359855; NM_001359856;
	NM_001359857; NM_001359858
NP_060783; NP_851385; NP_001337003; NP_001337004; NP_001337005;
	NP_001337006; NP_001337007; NP_001337008; NP_001352999; NP_001353000; NP_001353001; NP_001353002; NP_001353003; NP_001353004; NP_001353005
NP_001074720; NP_001346783; NP_001346784; NP_001346785; NP_001346786;
	NP_001346787
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

PBRM1 (англ. Polybromo 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 3-ї хромосоми. ^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 689 амінокислот, а молекулярна маса — 192 948^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MGSKRRRATS	PSSSVSGDFD	DGHHSVSTPG	PSRKRRRLSN	LPTVDPIAVC
HELYNTIRDY	KDEQGRLLCE	LFIRAPKRRN	QPDYYEVVSQ	PIDLMKIQQK
LKMEEYDDVN	LLTADFQLLF	NNAKSYYKPD	SPEYKAACKL	WDLYLRTRNE
FVQKGEADDE	DDDEDGQDNQ	GTVTEGSSPA	YLKEILEQLL	EAIVVATNPS
GRLISELFQK	LPSKVQYPDY	YAIIKEPIDL	KTIAQRIQNG	SYKSIHAMAK
DIDLLAKNAK	TYNEPGSQVF	KDANSIKKIF	YMKKAEIEHH	EMAKSSLRMR
TPSNLAAARL	TGPSHSKGSL	GEERNPTSKY	YRNKRAVQGG	RLSAITMALQ
YGSESEEDAA	LAAARYEEGE	SEAESITSFM	DVSNPFYQLY	DTVRSCRNNQ
GQLIAEPFYH	LPSKKKYPDY	YQQIKMPISL	QQIRTKLKNQ	EYETLDHLEC
DLNLMFENAK	RYNVPNSAIY	KRVLKLQQVM	QAKKKELARR	DDIEDGDSMI
SSATSDTGSA	KRKSKKNIRK	QRMKILFNVV	LEAREPGSGR	RLCDLFMVKP
SKKDYPDYYK	IILEPMDLKI	IEHNIRNDKY	AGEEGMIEDM	KLMFRNARHY
NEEGSQVYND	AHILEKLLKE	KRKELGPLPD	DDDMASPKLK	LSRKSGISPK
KSKYMTPMQQ	KLNEVYEAVK	NYTDKRGRRL	SAIFLRLPSR	SELPDYYLTI
KKPMDMEKIR	SHMMANKYQD	IDSMVEDFVM	MFNNACTYNE	PESLIYKDAL
VLHKVLLETR	RDLEGDEDSH	VPNVTLLIQE	LIHNLFVSVM	SHQDDEGRCY
SDSLAEIPAV	DPNFPNKPPL	TFDIIRKNVE	NNRYRRLDLF	QEHMFEVLER
ARRMNRTDSE	IYEDAVELQQ	FFIKIRDELC	KNGEILLSPA	LSYTTKHLHN
DVEKERKEKL	PKEIEEDKLK	REEEKREAEK	SEDSSGAAGL	SGLHRTYSQD
CSFKNSMYHV	GDYVYVEPAE	ANLQPHIVCI	ERLWEDSAGE	KWLYGCWFYR
PNETFHLATR	KFLEKEVFKS	DYYNKVPVSK	ILGKCVVMFV	KEYFKLCPEN
FRDEDVFVCE	SRYSAKTKSF	KKIKLWTMPI	SSVRFVPRDV	PLPVVRVASV
FANADKGDDE	KNTDNSEDSR	AEDNFNLEKE	KEDVPVEMSN	GEPGCHYFEQ
LHYNDMWLKV	GDCVFIKSHG	LVRPRVGRIE	KVWVRDGAAY	FYGPIFIHPE
ETEHEPTKMF	YKKEVFLSNL	EETCPMTCIL	GKCAVLSFKD	FLSCRPTEIP
ENDILLCESR	YNESDKQMKK	FKGLKRFSLS	AKVVDDEIYY	FRKPIVPQKE
PSPLLEKKIQ	LLEAKFAELE	GGDDDIEEMG	EEDSEVIEPP	SLPQLQTPLA
SELDLMPYTP	PQSTPKSAKG	SAKKEGSKRK	INMSGYILFS	SEMRAVIKAQ
HPDYSFGELS	RLVGTEWRNL	ETAKKAEYEE	RAAKVAEQQE	RERAAQQQQP
SASPRAGTPV	GALMGVVPPP	TPMGMLNQQL	TPVAGMMGGY	PPGLPPLQGP
VDGLVSMGSM	QPLHPGGPPP	HHLPPGVPGL	PGIPPPGVMN	QGVAPMVGTP
APGGSPYGQQ	VGVLGPPGQQ	APPPYPGPHP	AGPPVIQQPT	TPMFVAPPPK
TQRLLHSEAY	LKYIEGLSAE	SNSISKWDQT	LAARRRDVHL	SKEQESRLPS
HWLKSKGAHT	TMADALWRLR	DLMLRDTLNI	RQAYNLENV

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, поліморфізм, ацетиляція, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

Horikawa I., Barrett J.C. (2002). cDNA cloning of the human polybromo-1 gene on chromosome 3p21. DNA Seq. 13: 211—215. PMID 12487023 DOI:10.1080/1042517021000021590
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Lemon B., Inouye C., King D.S., Tjian R. (2001). Selectivity of chromatin-remodelling cofactors for ligand-activated transcription. Nature. 414: 924—928. PMID 11780067 DOI:10.1038/414924a
Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240
Impens F., Radoshevich L., Cossart P., Ribet D. (2014). Mapping of SUMO sites and analysis of SUMOylation changes induced by external stimuli. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 111: 12432—12437. PMID 25114211 DOI:10.1073/pnas.1413825111
Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з PBRM1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:30064 (англ.) . Процитовано 30 серпня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, Q86U86 (англ.) . Архів оригіналу за 30 липня 2017. Процитовано 30 серпня 2017.

Див. також

Хромосома 3

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

[1] Захворювання, генетично пов'язані з PBRM1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Human PubMed Reference:.

[3] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-4] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:30064 (англ.) . Процитовано 30 серпня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)

[UniProt-5] UniProt, Q86U86 (англ.) . Архів оригіналу за 30 липня 2017. Процитовано 30 серпня 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]