PRDM2

PRDM2
Наявні структури PDB Пошук для людей: PDBe RCSB Список кодів PDB 2JV0, 2QPW
Ідентифікатори
Символи	PRDM2, HUMHOXY1, KMT8, MTB-ZF, RIZ, RIZ1, RIZ2, PR domain 2, PR/SET domain 2, KMT8A
Зовнішні ІД	OMIM: 601196 MGI: 107628 HomoloGene: 40822 GeneCards: PRDM2
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0102674, GO:0102675 methyltransferase activity • transferase activity • DNA binding • zinc ion binding • histone-lysine N-methyltransferase activity • зв'язування з іоном металу • nucleic acid binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • chromatin DNA binding • sequence-specific DNA binding Клітинна компонента • клітинне ядро • комплекс Ґольджі Біологічний процес • histone lysine methylation • Метилювання • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • determination of adult lifespan • transcription, DNA-templated • transcription by RNA polymerase II • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	7799	110593
Ensembl	ENSG00000116731	ENSMUSG00000057637
UniProt	Q13029	н/д
RefSeq (мРНК)	NM_001007257 NM_001135610 NM_012231 NM_015866 NM_001393986 NM_001393987 NM_001393988	NM_001081355 NM_001256380
RefSeq (білок)	NP_001007258 NP_001129082 NP_036363 NP_056950	н/д
Локус (UCSC)	Хр. 1: 13.7 – 13.83 Mb	Хр. 4: 143.11 – 143.21 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

PRDM2 (англ. PR/SET domain 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 718 амінокислот, а молекулярна маса — 188 915.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MNQNTTEPVA		ATETLAEVPE		HVLRGLPEEV		RLFPSAVDKT		RIGVWATKPI
LKGKKFGPFV		GDKKKRSQVK		NNVYMWEVYY		PNLGWMCIDA		TDPEKGNWLR
YVNWACSGEE		QNLFPLEINR		AIYYKTLKPI		APGEELLVWY		NGEDNPEIAA
AIEEERASAR		SKRSSPKSRK		GKKKSQENKN		KGNKIQDIQL		KTSEPDFTSA
NMRDSAEGPK		EDEEKPSASA		LEQPATLQEV		ASQEVPPELA		TPAPAWEPQP
EPDERLEAAA		CEVNDLGEEE		EEEEEEDEEE		EEDDDDDELE		DEGEEEASMP
NENSVKEPEI		RCDEKPEDLL		EEPKTTSEET		LEDCSEVTPA		MQIPRTKEEA
NGDVFETFMF		PCQHCERKFT		TKQGLERHMH		IHISTVNHAF		KCKYCGKAFG
TQINRRRHER		RHEAGLKRKP		SQTLQPSEDL		ADGKASGENV		ASKDDSSPPS
LGPDCLIMNS		EKASQDTINS		SVVEENGEVK		ELHPCKYCKK		VFGTHTNMRR
HQRRVHERHL		IPKGVRRKGG		LEEPQPPAEQ		AQATQNVYVP		STEPEEEGEA
DDVYIMDISS		NISENLNYYI		DGKIQTNNNT		SNCDVIEMES		ASADLYGINC
LLTPVTVEIT		QNIKTTQVPV		TEDLPKEPLG		STNSEAKKRR		TASPPALPKI
KAETDSDPMV		PSCSLSLPLS		ISTTEAVSFH		KEKSVYLSSK		LKQLLQTQDK
LTPAGISATE		IAKLGPVCVS		APASMLPVTS		SRFKRRTSSP		PSSPQHSPAL
RDFGKPSDGK		AAWTDAGLTS		KKSKLESHSD		SPAWSLSGRD		ERETVSPPCF
DEYKMSKEWT		ASSAFSSVCN		QQPLDLSSGV		KQKAEGTGKT		PVQWESVLDL
SVHKKHCSDS		EGKEFKESHS		VQPTCSAVKK		RKPTTCMLQK		VLLNEYNGID
LPVENPADGT		RSPSPCKSLE		AQPDPDLGPG		SGFPAPTVES		TPDVCPSSPA
LQTPSLSSGQ		LPPLLIPTDP		SSPPPCPPVL		TVATPPPPLL		PTVPLPAPSS
SASPHPCPSP		LSNATAQSPL		PILSPTVSPS		PSPIPPVEPL		MSAASPGPPT
LSSSSSSSSS		SSSFSSSSSS		SSPSPPPLSA		ISSVVSSGDN		LEASLPMISF
KQEELENEGL		KPREEPQSAA		EQDVVVQETF		NKNFVCNVCE		SPFLSIKDLT
KHLSIHAEEW		PFKCEFCVQL		FKDKTDLSEH		RFLLHGVGNI		FVCSVCKKEF
AFLCNLQQHQ		RDLHPDKVCT		HHEFESGTLR		PQNFTDPSKA		HVEHMQSLPE
DPLETSKEEE		ELNDSSEELY		TTIKIMASGI		KTKDPDVRLG		LNQHYPSFKP
PPFQYHHRNP		MGIGVTATNF		TTHNIPQTFT		TAIRCTKCGK		GVDNMPELHK
HILACASASD		KKRYTPKKNP		VPLKQTVQPK		NGVVVLDNSG		KNAFRRMGQP
KRLNFSVELS		KMSSNKLKLN		ALKKKNQLVQ		KAILQKNKSA		KQKADLKNAC
ESSSHICPYC		NREFTYIGSL		NKHAAFSCPK		KPLSPPKKKV		SHSSKKGGHS
SPASSDKNSN		SNHRRRTADA		EIKMQSMQTP		LGKTRARSSG		PTQVPLPSSS
FRSKQNVKFA		ASVKSKKPSS		SSLRNSSPIR		MAKITHVEGK		KPKAVAKNHS
AQLSSKTSRS		LHVRVQKSKA		VLQSKSTLAS		KKRTDRFNIK		SRERSGGPVT
RSLQLAAAAD		LSENKREDGS		AKQELKDFSY		SLRLASRCSP		PAAPYITRQY
RKVKAPAAAQ		FQGPFFKE

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, активаторів, метилтрансфераз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, поліморфізм. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК, s-аденозил-l-метіоніном. Локалізований у ядрі.

Література

• Buyse I.M., Shao G., Huang S. (1995). The retinoblastoma protein binds to RIZ, a zinc-finger protein that shares an epitope with the adenovirus E1A protein. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 92: 4467—4471. PMID 7538672 DOI:10.1073/pnas.92.10.4467
• Liu L., Shao G., Steele-Perkins G., Huang S. (1997). The retinoblastoma interacting zinc finger gene RIZ produces a PR domain-lacking product through an internal promoter. J. Biol. Chem. 272: 2984—2991. PMID 9006946 DOI:10.1074/jbc.272.5.2984
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Shapiro V.S., Lee P., Winoto A. (1995). Identification and cloning of the G3B cDNA encoding a 3' segment of a protein binding to GATA-3. Gene. 163: 329—330. PMID 7590293 DOI:10.1016/0378-1119(95)00420-B
• Muraosa Y., Takahashi K., Yoshizawa M., Shibahara S. (1996). cDNA cloning of a novel protein containing two zinc-finger domains that may function as a transcription factor for the human heme-oxygenase-1 gene. Eur. J. Biochem. 235: 471—479. PMID 8654390 DOI:10.1111/j.1432-1033.1996.00471.x
• Kim K.-C., Geng L., Huang S. (2003). Inactivation of a histone methyltransferase by mutations in human cancers. Cancer Res. 63: 7619—7623. PMID 14633678

Див. також

• Хромосома 1