PRPF8

PRPF8
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 3E9L, 3ENB, 3LRU, 4JK7, 4JK8, 4JK9, 4JKA, 4JKB, 4JKC, 4JKD, 4JKE, 4JKF, 4JKG, 4JKH, 4KIT, 3JCR
Ідентифікатори
Символи	PRPF8, pre-mRNA processing factor 8, HPRP8, PRP8, PRPC8, RP13, SNRNP220
Зовнішні ІД	OMIM: 607300 MGI: 2179381 HomoloGene: 4706 GeneCards: PRPF8
Пов'язані генетичні захворювання
retinitis pigmentosa 13
Онтологія гена Молекулярна функція • K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding • second spliceosomal transesterification activity • U6 snRNA binding • U1 snRNA binding • U2 snRNA binding • U5 snRNA binding • pre-mRNA intronic binding Клітинна компонента • nuclear speck • catalytic step 2 spliceosome • мембрана • U5 snRNP • нуклеоплазма • small nuclear ribonucleoprotein complex • spliceosomal complex • клітинне ядро • U4/U6 x U5 tri-snRNP complex • U2-type precatalytic spliceosome • U2-type catalytic step 2 spliceosome Біологічний процес • mRNA splicing, via spliceosome • spliceosomal tri-snRNP complex assembly • RNA splicing, via transesterification reactions • cellular response to tumor necrosis factor • mRNA processing • Сплайсинг РНК • cellular response to lipopolysaccharide Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	10594	192159
Ensembl	ENSG00000274442 ENSG00000174231	ENSMUSG00000020850
UniProt	Q6P2Q9	Q99PV0
RefSeq (мРНК)	NM_006445	NM_138659
RefSeq (білок)	NP_006436	NP_619600
Локус (UCSC)	Хр. 17: 1.65 – 1.68 Mb	Хр. 11: 75.38 – 75.4 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

PRPF8 (англ. Pre-mRNA processing factor 8) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 2 335 амінокислот, а молекулярна маса — 273 600.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAGVFPYRGP		GNPVPGPLAP		LPDYMSEEKL		QEKARKWQQL		QAKRYAEKRK
FGFVDAQKED		MPPEHVRKII		RDHGDMTNRK		FRHDKRVYLG		ALKYMPHAVL
KLLENMPMPW		EQIRDVPVLY		HITGAISFVN		EIPWVIEPVY		ISQWGSMWIM
MRREKRDRRH		FKRMRFPPFD		DEEPPLDYAD		NILDVEPLEA		IQLELDPEED
APVLDWFYDH		QPLRDSRKYV		NGSTYQRWQF		TLPMMSTLYR		LANQLLTDLV
DDNYFYLFDL		KAFFTSKALN		MAIPGGPKFE		PLVRDINLQD		EDWNEFNDIN
KIIIRQPIRT		EYKIAFPYLY		NNLPHHVHLT		WYHTPNVVFI		KTEDPDLPAF
YFDPLINPIS		HRHSVKSQEP		LPDDDEEFEL		PEFVEPFLKD		TPLYTDNTAN
GIALLWAPRP		FNLRSGRTRR		ALDIPLVKNW		YREHCPAGQP		VKVRVSYQKL
LKYYVLNALK		HRPPKAQKKR		YLFRSFKATK		FFQSTKLDWV		EVGLQVCRQG
YNMLNLLIHR		KNLNYLHLDY		NFNLKPVKTL		TTKERKKSRF		GNAFHLCREV
LRLTKLVVDS		HVQYRLGNVD		AFQLADGLQY		IFAHVGQLTG		MYRYKYKLMR
QIRMCKDLKH		LIYYRFNTGP		VGKGPGCGFW		AAGWRVWLFF		MRGITPLLER
WLGNLLARQF		EGRHSKGVAK		TVTKQRVESH		FDLELRAAVM		HDILDMMPEG
IKQNKARTIL		QHLSEAWRCW		KANIPWKVPG		LPTPIENMIL		RYVKAKADWW
TNTAHYNRER		IRRGATVDKT		VCKKNLGRLT		RLYLKAEQER		QHNYLKDGPY
ITAEEAVAVY		TTTVHWLESR		RFSPIPFPPL		SYKHDTKLLI		LALERLKEAY
SVKSRLNQSQ		REELGLIEQA		YDNPHEALSR		IKRHLLTQRA		FKEVGIEFMD
LYSHLVPVYD		VEPLEKITDA		YLDQYLWYEA		DKRRLFPPWI		KPADTEPPPL
LVYKWCQGIN		NLQDVWETSE		GECNVMLESR		FEKMYEKIDL		TLLNRLLRLI
VDHNIADYMT		AKNNVVINYK		DMNHTNSYGI		IRGLQFASFI		VQYYGLVMDL
LVLGLHRASE		MAGPPQMPND		FLSFQDIATE		AAHPIRLFCR		YIDRIHIFFR
FTADEARDLI		QRYLTEHPDP		NNENIVGYNN		KKCWPRDARM		RLMKHDVNLG
RAVFWDIKNR		LPRSVTTVQW		ENSFVSVYSK		DNPNLLFNMC		GFECRILPKC
RTSYEEFTHK		DGVWNLQNEV		TKERTAQCFL		RVDDESMQRF		HNRVRQILMA
SGSTTFTKIV		NKWNTALIGL		MTYFREAVVN		TQELLDLLVK		CENKIQTRIK
IGLNSKMPSR		FPPVVFYTPK		ELGGLGMLSM		GHVLIPQSDL		RWSKQTDVGI
THFRSGMSHE		EDQLIPNLYR		YIQPWESEFI		DSQRVWAEYA		LKRQEAIAQN
RRLTLEDLED		SWDRGIPRIN		TLFQKDRHTL		AYDKGWRVRT		DFKQYQVLKQ
NPFWWTHQRH		DGKLWNLNNY		RTDMIQALGG		VEGILEHTLF		KGTYFPTWEG
LFWEKASGFE		ESMKWKKLTN		AQRSGLNQIP		NRRFTLWWSP		TINRANVYVG
FQVQLDLTGI		FMHGKIPTLK		ISLIQIFRAH		LWQKIHESIV		MDLCQVFDQE
LDALEIETVQ		KETIHPRKSY		KMNSSCADIL		LFASYKWNVS		RPSLLADSKD
VMDSTTTQKY		WIDIQLRWGD		YDSHDIERYA		RAKFLDYTTD		NMSIYPSPTG
VLIAIDLAYN		LHSAYGNWFP		GSKPLIQQAM		AKIMKANPAL		YVLRERIRKG
LQLYSSEPTE		PYLSSQNYGE		LFSNQIIWFV		DDTNVYRVTI		HKTFEGNLTT
KPINGAIFIF		NPRTGQLFLK		IIHTSVWAGQ		KRLGQLAKWK		TAEEVAALIR
SLPVEEQPKQ		IIVTRKGMLD		PLEVHLLDFP		NIVIKGSELQ		LPFQACLKVE
KFGDLILKAT		EPQMVLFNLY		DDWLKTISSY		TAFSRLILIL		RALHVNNDRA
KVILKPDKTT		ITEPHHIWPT		LTDEEWIKVE		VQLKDLILAD		YGKKNNVNVA
SLTQSEIRDI		ILGMEISAPS		QQRQQIAEIE		KQTKEQSQLT		ATQTRTVNKH
GDEIITSTTS		NYETQTFSSK		TEWRVRAISA		ANLHLRTNHI		YVSSDDIKET
GYTYILPKNV		LKKFICISDL		RAQIAGYLYG		VSPPDNPQVK		EIRCIVMVPQ
WGTHQTVHLP		GQLPQHEYLK		EMEPLGWIHT		QPNESPQLSP		QDVTTHAKIM
ADNPSWDGEK		TIIITCSFTP		GSCTLTAYKL		TPSGYEWGRQ		NTDKGNNPKG
YLPSHYERVQ		MLLSDRFLGF		FMVPAQSSWN		YNFMGVRHDP		NMKYELQLAN
PKEFYHEVHR		PSHFLNFALL		QEGEVYSADR		EDLYA

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до рибонуклеопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Luo H.R., Moreau G.A., Levin N., Moore M.J. (1999). The human Prp8 protein is a component of both U2- and U12-dependent spliceosomes. RNA. 5: 893—908. PMID 10411133 DOI:10.1017/S1355838299990520
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Anderson G.J., Bach M., Luehrmann R., Beggs J.D. (1989). Conservation between yeast and man of a protein associated with U5 small nuclear ribonucleoprotein. Nature. 342: 819—821. PMID 2532307 DOI:10.1038/342819a0
• Bach M., Winkelmann G., Luehrmann R. (1989). 20S small nuclear ribonucleoprotein U5 shows a surprisingly complex protein composition. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86: 6038—6042. PMID 2527369 DOI:10.1073/pnas.86.16.6038
• Pinto A.L., Steitz J.A. (1989). The mammalian analogue of the yeast PRP8 splicing protein is present in the U4/5/6 small nuclear ribonucleoprotein particle and the spliceosome. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86: 8742—8746. PMID 2479028 DOI:10.1073/pnas.86.22.8742
• Garcia-Blanco M.A., Anderson G.J., Beggs J., Sharp P.A. (1990). A mammalian protein of 220 kDa binds pre-mRNAs in the spliceosome: a potential homologue of the yeast PRP8 protein. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87: 3082—3086. PMID 2139226 DOI:10.1073/pnas.87.8.3082

Див. також

• Хромосома 17