DDX58

DDX58
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2LWD, 2LWE, 2QFB, 2QFD, 2RMJ, 2YKG, 3LRN, 3LRR, 3NCU, 3OG8, 3ZD6, 3ZD7, 4AY2, 4BPB, 4NQK, 4ON9, 4P4H, 5E3H, 5F98, 5F9F, 5F9H
Ідентифікатори
Символи	DDX58, DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 58, RIGI, RLR-1, SGMRT2, RIG-I, DEXD/H-box helicase 58, RIG1
Зовнішні ІД	OMIM: 609631 MGI: 2442858 HomoloGene: 32215 GeneCards: DDX58
Онтологія гена Молекулярна функція • nucleotide binding • GO:0008026 helicase activity • zinc ion binding • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • single-stranded RNA binding • identical protein binding • RNA binding • double-stranded RNA binding • double-stranded DNA binding • hydrolase activity • ATP binding • nucleic acid binding • ubiquitin protein ligase binding Клітинна компонента • цитоплазма • cell projection • мембрана • bicellular tight junction • клітинна мембрана • ruffle membrane • міжклітинні контакти • actin cytoskeleton • цитоскелет • гіалоплазма Біологічний процес • regulation of cell migration • response to exogenous dsRNA • positive regulation of interferon-alpha production • процес імунної системи • response to virus • cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway in response to virus • GO:1901313 positive regulation of gene expression • positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production • positive regulation of interleukin-8 production • positive regulation of interleukin-6 production • negative regulation of type I interferon production • detection of virus • GO:0022415 viral process • вроджений імунітет • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • RIG-I signaling pathway • regulation of type III interferon production • positive regulation of defense response to virus by host • positive regulation of interferon-beta production • protein deubiquitination • positive regulation of response to cytokine stimulus • cellular response to exogenous dsRNA • defense response to virus • positive regulation of DNA-binding transcription factor activity • positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	23586	230073
Ensembl	ENSG00000107201	ENSMUSG00000040296
UniProt	O95786	Q6Q899
RefSeq (мРНК)	NM_014314	NM_172689
RefSeq (білок)	NP_055129	NP_766277
Локус (UCSC)	Хр. 9: 32.46 – 32.53 Mb	Хр. 4: 40.2 – 40.24 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

DDX58 (англ. DExD/H-box helicase 58) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 9-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 925 амінокислот, а молекулярна маса — 106 600.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MTTEQRRSLQ		AFQDYIRKTL		DPTYILSYMA		PWFREEEVQY		IQAEKNNKGP
MEAATLFLKF		LLELQEEGWF		RGFLDALDHA		GYSGLYEAIE		SWDFKKIEKL
EEYRLLLKRL		QPEFKTRIIP		TDIISDLSEC		LINQECEEIL		QICSTKGMMA
GAEKLVECLL		RSDKENWPKT		LKLALEKERN		KFSELWIVEK		GIKDVETEDL
EDKMETSDIQ		IFYQEDPECQ		NLSENSCPPS		EVSDTNLYSP		FKPRNYQLEL
ALPAMKGKNT		IICAPTGCGK		TFVSLLICEH		HLKKFPQGQK		GKVVFFANQI
PVYEQQKSVF		SKYFERHGYR		VTGISGATAE		NVPVEQIVEN		NDIIILTPQI
LVNNLKKGTI		PSLSIFTLMI		FDECHNTSKQ		HPYNMIMFNY		LDQKLGGSSG
PLPQVIGLTA		SVGVGDAKNT		DEALDYICKL		CASLDASVIA		TVKHNLEELE
QVVYKPQKFF		RKVESRISDK		FKYIIAQLMR		DTESLAKRIC		KDLENLSQIQ
NREFGTQKYE		QWIVTVQKAC		MVFQMPDKDE		ESRICKALFL		YTSHLRKYND
ALIISEHARM		KDALDYLKDF		FSNVRAAGFD		EIEQDLTQRF		EEKLQELESV
SRDPSNENPK		LEDLCFILQE		EYHLNPETIT		ILFVKTRALV		DALKNWIEGN
PKLSFLKPGI		LTGRGKTNQN		TGMTLPAQKC		ILDAFKASGD		HNILIATSVA
DEGIDIAQCN		LVILYEYVGN		VIKMIQTRGR		GRARGSKCFL		LTSNAGVIEK
EQINMYKEKM		MNDSILRLQT		WDEAVFREKI		LHIQTHEKFI		RDSQEKPKPV
PDKENKKLLC		RKCKALACYT		ADVRVIEECH		YTVLGDAFKE		CFVSRPHPKP
KQFSSFEKRA		KIFCARQNCS		HDWGIHVKYK		TFEIPVIKIE		SFVVEDIATG
VQTLYSKWKD		FHFEKIPFDP		AEMSK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як імунітет, вроджений імунітет, взаємодія хазяїн-вірус, противірусний захист, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, іонами металів, іоном цинку, РНК. Локалізований у клітинній мембрані, цитоплазмі, цитоскелеті, мембрані, клітинних контактах, клітинних відростках, щільних контактах.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Cui X.-F., Imaizumi T., Yoshida H., Borden E.C., Satoh K. (2004). Retinoic acid-inducible gene-I is induced by interferon-gamma and regulates the expression of interferon-gamma stimulated gene 15 in MCF-7 cells. Biochem. Cell Biol. 82: 401—405. PMID 15181474 DOI:10.1139/o04-041
• Seth R.B., Sun L., Ea C.-K., Chen Z.J. (2005). Identification and characterization of MAVS, a mitochondrial antiviral signaling protein that activates NF-kappaB and IRF 3. Cell. 122: 669—682. PMID 16125763 DOI:10.1016/j.cell.2005.08.012
• Zhao C., Denison C., Huibregtse J.M., Gygi S.P., Krug R.M. (2005). Human ISG15 conjugation targets both IFN-induced and constitutively expressed proteins functioning in diverse cellular pathways. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102: 10200—10205. PMID 16009940 DOI:10.1073/pnas.0504754102
• Kim M.J., Hwang S.Y., Imaizumi T., Yoo J.Y. (2008). Negative feedback regulation of RIG-I-mediated antiviral signaling by interferon-induced ISG15 conjugation. J. Virol. 82: 1474—1483. PMID 18057259 DOI:10.1128/JVI.01650-07
• Ishikawa H., Barber G.N. (2008). STING is an endoplasmic reticulum adaptor that facilitates innate immune signalling. Nature. 455: 674—678. PMID 18724357 DOI:10.1038/nature07317

Див. також

• Хромосома 9