12-та флотилія ПЧ була заснована 15 жовтня 1942 року під командуванням корветтен-капітанаКлауса Шольца. 9 січня 1943 року у Бордо прибув перший німецький підводний човен U-178. До флотилії включили більшість човнів далекого радіусу дії, які здійснювали походи до південної Атлантики та в Індійський океан. Протягом серпня 1944 року більшість човнів покинула базу до Фленсбурга. 25 серпня 1944 року останніми двома човнами, які покинули Бордо, були U-534 і U-857.
У серпні 1944 року флотилію розформували. Решта особового складу (близько 220 осіб) під командуванням фрегаттен-капітана Шольца спробували прорватися наземним шляхом назад до Німеччини, але 11 вересня 1944 року вони були взяті в американський полон.
Тридцять дев'ять із 42 німецьких підводних човнів, що входили до 12-ї флотилії, були знищені під час виконання ними бойових завдань. До того, як база в Бордо була захоплена союзниками, U-861, U-862 і U-1061 встигли втекти, і їх передали іншим флотиліям підводних човнів.
Walter Lohmann und Hans H. Hildebrand: Die deutsche Kriegsmarine 1939—1945, Gliederung — Einsatz — Stellenbesetzung, Verlag Hans-Henning Podzun, Bad Nauheim
Бишоп К. Подводные лодки кригсмарине. 1939—1945. Справочник-определитель флотилий = Kriegsmarine U-boats 1939—1945. — М.: Эксмо, 2007. — 192 с. — (Военная техника III Рейха). — ISBN 978-5-699-22106-6
.svg){kind=small}
Третій Рейх.svg){kind=small}
Вермахт
Крігсмаріне
Бордо, база BETASOM
.svg){kind=small}