Колись відоме як Карабулак, 1827 року село було перейменовано на Карягіно, на честь Павла Карягіна, російського військового героя російсько-перської війни. 1959 року місто перейменовано на честь поета XVI ст. Фузулі. Під час літніх нападів у Нагірному Карабасі 1993 року Фюзулі було захоплено вірменськими силами, і, хоча частину району Фузулі було згодом відвойовано, саме місто лишалося на окупованій території без жителів. 17 жовтня 2020 року Президент Азербайджану Алієв оголосив Фузулі звільненим від вірменського режиму.