Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
JARID2
Ідентифікатори
Символи
JARID2 , JMJ, jumonji and AT-rich interaction domain containing 2
Зовнішні ІД
OMIM : 601594 MGI: 104813 HomoloGene: 31279 GeneCards: JARID2
Онтологія гена
Молекулярна функція
• DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • chromatin binding • histone demethylase activity • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • transcription factor binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • methylated histone binding • histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity
Клітинна компонента
• ESC/E(Z) complex • нуклеоплазма • клітинне ядро • histone methyltransferase complex • мітохондрія
Біологічний процес
• диференціація клітин • negative regulation of histone methylation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • thymus development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • spleen development • transcription, DNA-templated • stem cell differentiation • multicellular organism development • central nervous system development • negative regulation of gene expression, epigenetic • regulation of cell population proliferation • liver development • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of cell population proliferation • positive regulation of histone H3-K9 methylation • negative regulation of cardiac muscle hypertrophy • cellular response to leukemia inhibitory factor • negative regulation of cardiac muscle cell proliferation • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • histone demethylation • ремоделювання хроматину • histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific
Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
Хр. 6: 15.25 – 15.52 Mb
Хр. 13: 44.88 – 45.08 Mb
PubMed search
[1]
[2] Вікідані
JARID2 (англ. Jumonji and AT-rich interaction domain containing 2 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 246 амінокислот , а молекулярна маса — 138 734[4] .
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50
MSKERPKRNI IQKKYDDSDG IPWSEERVVR KVLYLSLKEF KNSQKRQHAE
GIAGSLKTVN GLLGNDQSKG LGPASEQSEN EKDDASQVSS TSNDVSSSDF
EEGPSRKRPR LQAQRKFAQS QPNSPSTTPV KIVEPLLPPP ATQISDLSKR
KPKTEDFLTF LCLRGSPALP NSMVYFGSSQ DEEEVEEEDD ETEDVKTATN
NASSSCQSTP RKGKTHKHVH NGHVFNGSSR STREKEPVQK HKSKEATPAK
EKHSDHRADS RREQASANHP AAAPSTGSSA KGLAATHHHP PLHRSAQDLR
KQVSKVNGVT RMSSLGAGVT SAKKMREVRP SPSKTVKYTA TVTKGAVTYT
KAKRELVKDT KPNHHKPSSA VNHTISGKTE SSNAKTRKQV LSLGGASKST
GPAVNGLKVS GRLNPKSCTK EVGGRQLREG LQLREGLRNS KRRLEEAHQA
EKPQSPPKKM KGAAGPAEGP GKKAPAERGL LNGHVKKEVP ERSLERNRPK
RATAGKSTPG RQAHGKADSA SCENRSTSQP ESVHKPQDSG KAEKGGGKAG
WAAMDEIPVL RPSAKEFHDP LIYIESVRAQ VEKFGMCRVI PPPDWRPECK
LNDEMRFVTQ IQHIHKLGRR WGPNVQRLAC IKKHLKSQGI TMDELPLIGG
CELDLACFFR LINEMGGMQQ VTDLKKWNKL ADMLRIPRTA QDRLAKLQEA
YCQYLLSYDS LSPEEHRRLE KEVLMEKEIL EKRKGPLEGH TENDHHKFHP
LPRFEPKNGL IHGVAPRNGF RSKLKEVGQA QLKTGRRRLF AQEKEVVKEE
EEDKGVLNDF HKCIYKGRSV SLTTFYRTAR NIMSMCFSKE PAPAEIEQEY
WRLVEEKDCH VAVHCGKVDT NTHGSGFPVG KSEPFSRHGW NLTVLPNNTG
SILRHLGAVP GVTIPWLNIG MVFSTSCWSR DQNHLPYIDY LHTGADCIWY
CIPAEEENKL EDVVHTLLQA NGTPGLQMLE SNVMISPEVL CKEGIKVHRT
VQQSGQFVVC FPGSFVSKVC CGYSVSETVH FATTQWTSMG FETAKEMKRR
HIAKPFSMEK LLYQIAQAEA KKENGPTLST ISALLDELRD TELRQRRQLF
EAGLHSSARY GSHDGSSTVA DGKKKPRKWL QLETSERRCQ ICQHLCYLSM
VVQENENVVF CLECALRHVE KQKSCRGLKL MYRYDEEQII SLVNQICGKV
SGKNGSIENC LSKPTPKRGP RKRATVDVPP SRLSASSSSK SASSSS
Кодований геном білок за функціями належить до репресорів , регуляторів хроматину , білків розвитку , фосфопротеїнів .
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція , регуляція транскрипції , диференціація клітин , ацетилювання, альтернативний сплайсинг .
Локалізований у ядрі .
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res . 14 : 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI :10.1101/gr.2596504
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)
(1.4) NF-1
(1.5) RF-X
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4 )
підродина 1
підродина 2
підродина 3
підродина 4
підродина 5
підродина 6
підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4
(2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер
(2.5) Цинкові пальці іншого складу
(2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс
(3.2) Парний бокс
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль
(3.4) Фактори теплового шоку
(3.5) Триптофановий кластер
(3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR
(4.2) STAT
(4.3) p53
(4.4) MADS
(4.6) TATA
(4.7) Високомобільна група
(4.9) Grainyhead
(4.10) Домен холодового шоку
(4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y)
(0.3) Pocket домен
(0.5) AP2/EREBP-подібні
(0.6) Інші