Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
SOX18
Ідентифікатори
Символи
SOX18 , HLTS, HLTRS, SRY-box 18, SRY-box transcription factor 18
Зовнішні ІД
OMIM : 601618 MGI: 103559 HomoloGene: 7546 GeneCards: SOX18
Пов'язані генетичні захворювання
hypotrichosis-lymphedema-telangiectasia syndrome (grouping) [1]
Онтологія гена
Молекулярна функція
• DNA binding • sequence-specific DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • protein heterodimerization activity • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента
• клітинне ядро
Біологічний процес
• hair follicle development • establishment of endothelial barrier • hair cycle process • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • stem cell fate specification • lymphangiogenesis • blood vessel endothelial cell migration • lymphatic endothelial cell differentiation • endocardium formation • outflow tract morphogenesis • mRNA transcription by RNA polymerase II • in utero embryonic development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • cell maturation • endocardial cell differentiation • lymph vessel development • transcription, DNA-templated • embryonic heart tube development • васкулогенез • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • heart looping • heart development • vasculature development • blood vessel development • Ангіогенез • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • regulation of stem cell proliferation • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • диференціація клітин
Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
Хр. 20: 64.05 – 64.05 Mb
Хр. 2: 181.31 – 181.31 Mb
PubMed search
[2]
[3] Вікідані
SOX18 (англ. SRY-box 18 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 20-ї хромосоми.[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 384 амінокислот , а молекулярна маса — 40 891[5] .
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50
MQRSPPGYGA QDDPPARRDC AWAPGHGAAA DTRGLAAGPA ALAAPAAPAS
PPSPQRSPPR SPEPGRYGLS PAGRGERQAA DESRIRRPMN AFMVWAKDER
KRLAQQNPDL HNAVLSKMLG KAWKELNAAE KRPFVEEAER LRVQHLRDHP
NYKYRPRRKK QARKARRLEP GLLLPGLAPP QPPPEPFPAA SGSARAFREL
PPLGAEFDGL GLPTPERSPL DGLEPGEAAF FPPPAAPEDC ALRPFRAPYA
PTELSRDPGG CYGAPLAEAL RTAPPAAPLA GLYYGTLGTP GPYPGPLSPP
PEAPPLESAE PLGPAADLWA DVDLTEFDQY LNCSRTRPDA PGLPYHVALA
KLGPRAMSCP EESSLISALS DASSAVYYSA CISG
Кодований геном білок за функціями належить до активаторів , фосфопротеїнів .
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція , регуляція транскрипції .
Білок має сайт для зв'язування з ДНК .
Локалізований у ядрі .
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)
(1.4) NF-1
(1.5) RF-X
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4 )
підродина 1
підродина 2
підродина 3
підродина 4
підродина 5
підродина 6
підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4
(2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер
(2.5) Цинкові пальці іншого складу
(2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс
(3.2) Парний бокс
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль
(3.4) Фактори теплового шоку
(3.5) Триптофановий кластер
(3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR
(4.2) STAT
(4.3) p53
(4.4) MADS
(4.6) TATA
(4.7) Високомобільна група
(4.9) Grainyhead
(4.10) Домен холодового шоку
(4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y)
(0.3) Pocket домен
(0.5) AP2/EREBP-подібні
(0.6) Інші