COL16A1

COL16A1
Ідентифікатори
Символи	COL16A1, 447AA, FP1572, collagen type XVI alpha 1, collagen type XVI alpha 1 chain
Зовнішні ІД	OMIM: 120326 MGI: 1095396 HomoloGene: 1397 GeneCards: COL16A1
Онтологія гена Молекулярна функція • integrin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • extracellular matrix structural constituent • extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength Клітинна компонента • extracellular region • collagen type XVI trimer • колаген • endoplasmic reticulum lumen • GO:0005578 Позаклітинна матриця • міжклітинний простір • collagen-containing extracellular matrix Біологічний процес • cellular response to amino acid stimulus • integrin-mediated signaling pathway • жіноча вагітність • positive regulation of focal adhesion assembly • integrin activation • адгезія клітин • extracellular matrix organization • cell adhesion mediated by integrin Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	1307	107581
Ensembl	ENSG00000084636	ENSMUSG00000040690
UniProt	Q07092	Q8BLX7
RefSeq (мРНК)	NM_001856	NM_028266
RefSeq (білок)	NP_001847	NP_082542 NP_001391281 NP_001391282
Локус (UCSC)	Хр. 1: 31.65 – 31.7 Mb	Хр. 4: 129.94 – 129.99 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

COL16A1 (англ. Collagen type XVI alpha 1 chain) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 604 амінокислот, а молекулярна маса — 157 751.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MWVSWAPGLW		LLGLWATFGH		GANTGAQCPP		SQQEGLKLEH		SSSLPANVTG
FNLIHRLSLM		KTSAIKKIRN		PKGPLILRLG		AAPVTQPTRR		VFPRGLPEEF
ALVLTLLLKK		HTHQKTWYLF		QVTDANGYPQ		ISLEVNSQER		SLELRAQGQD
GDFVSCIFPV		PQLFDLRWHK		LMLSVAGRVA		SVHVDCSSAS		SQPLGPRRPM
RPVGHVFLGL		DAEQGKPVSF		DLQQVHIYCD		PELVLEEGCC		EILPAGCPPE
TSKARRDTQS		NELIEINPQS		EGKVYTRCFC		LEEPQNSEVD		AQLTGRISQK
AERGAKVHQE		TAADECPPCV		HGARDSNVTL		APSGPKGGKG		ERGLPGPPGS
KGEKGARGND		CVRISPDAPL		QCAEGPKGEK		GESGALGPSG		LPGSTGEKGQ
KGEKGDGGIK		GVPGKPGRDG		RPGEICVIGP		KGQKGDPGFV		GPEGLAGEPG
PPGLPGPPGI		GLPGTPGDPG		GPPGPKGDKG		SSGIPGKEGP		GGKPGKPGVK
GEKGDPCEVC		PTLPEGFQNF		VGLPGKPGPK		GEPGDPVPAR		GDPGIQGIKG
EKGEPCLSCS		SVVGAQHLVS		STGASGDVGS		PGFGLPGLPG		RAGVPGLKGE
KGNFGEAGPA		GSPGPPGPVG		PAGIKGAKGE		PCEPCPALSN		LQDGDVRVVA
LPGPSGEKGE		PGPPGFGLPG		KQGKAGERGL		KGQKGDAGNP		GDPGTPGTTG
RPGLSGEPGV		QGPAGPKGEK		GDGCTACPSL		QGTVTDMAGR		PGQPGPKGEQ
GPEGVGRPGK		PGQPGLPGVQ		GPPGLKGVQG		EPGPPGRGVQ		GPQGEPGAPG
LPGIQGLPGP		RGPPGPTGEK		GAQGSPGVKG		ATGPVGPPGA		SVSGPPGRDG
QQGQTGLRGT		PGEKGPRGEK		GEPGECSCPS		QGDLIFSGMP		GAPGLWMGSS
WQPGPQGPPG		IPGPPGPPGV		PGLQGVPGNN		GLPGQPGLTA		ELGSLPIEQH
LLKSICGDCV		QGQRAHPGYL		VEKGEKGDQG		IPGVPGLDNC		AQCFLSLERP
RAEEARGDNS		EGDPGCVGSP		GLPGPPGLPG		QRGEEGPPGM		RGSPGPPGPI
GPPGFPGAVG		SPGLPGLQGE		RGLTGLTGDK		GEPGPPGQPG		YPGATGPPGL
PGIKGERGYT		GSAGEKGEPG		PPGSEGLPGP		PGPAGPRGER		GPQGNSGEKG
DQGFQGQPGF		PGPPGPPGFP		GKVGSPGPPG		PQAEKGSEGI		RGPSGLPGSP
GPPGPPGIQG		PAGLDGLDGK		DGKPGLRGDP		GPAGPPGLMG		PPGFKGKTGH
PGLPGPKGDC		GKPGPPGSTG		RPGAEGEPGA		MGPQGRPGPP		GHVGPPGPPG
QPGPAGISAV		GLKGDRGATG		ERGLAGLPGQ		PGPPGHPGPP		GEPGTDGAAG
KEGPPGKQGF		YGPPGPKGDP		GAAGQKGQAG		EKGRAGMPGG		PGKSGSMGPV
GPPGPAGERG		HPGAPGPSGS		PGLPGVPGSM		GDMVNYDEIK		RFIRQEIIKM
FDERMAYYTS		RMQFPMEMAA		APGRPGPPGK		DGAPGRPGAP		GSPGLPGQIG
REGRQGLPGV		RGLPGTKGEK		GDIGIGIAGE		NGLPGPPGPQ		GPPGYGKMGA
TGPMGQQGIP		GIPGPPGPMG		QPGKAGHCNP		SDCFGAMPME		QQYPPMKTMK
GPFG

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у такому біологічному процесі як клітинна адгезія. Локалізований у позаклітинному матриксі. Також секретований назовні.

Література

• Pan T.-C., Zhang R.-Z., Mattei M.-G., Timpl R., Chu M.-L. (1992). Cloning and chromosomal location of human alpha 1(XVI) collagen. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89: 6565—6569. PMID 1631157 DOI:10.1073/pnas.89.14.6565
• Grassel S., Timpl R., Tan E.M.L., Chu M.-L. (1996). Biosynthesis and processing of type XVI collagen in human fibroblasts and smooth muscle cells. Eur. J. Biochem. 242: 576—584. PMID 9022684 DOI:10.1111/j.1432-1033.1996.0576r.x

Див. також

• Хромосома 1