CLOCK

CLOCK
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 4H10
Ідентифікатори
Символи	CLOCK, KAT13D, bHLHe8, clock circadian regulator
Зовнішні ІД	OMIM: 601851 MGI: 99698 HomoloGene: 3603 GeneCards: CLOCK
Онтологія гена Молекулярна функція • transferase activity • DNA binding • sequence-specific DNA binding • protein dimerization activity • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • histone acetyltransferase activity • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • transcription factor activity, RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific binding • E-box binding • core promoter sequence-specific DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • chromatin DNA binding • acyltransferase activity • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific Клітинна компонента • цитоплазма • chromatoid body • внутрішньоклітинна мембранна органела • transcription regulator complex • хромосома • нуклеоплазма • клітинне ядро • гіалоплазма Біологічний процес • negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway • positive regulation of inflammatory response • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • Фотоперіодизм • regulation of insulin secretion • ритмічний процес • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • DNA damage checkpoint signaling • regulation of type B pancreatic cell development • transcription by RNA polymerase II • circadian regulation of gene expression • transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • response to redox state • cellular response to DNA damage stimulus • positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity • циркадний ритм • Сперматогенез • regulation of hair cycle • cellular response to ionizing radiation • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • GO:0072468 сигнальна трансдукція • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process • histone acetylation • protein acetylation • regulation of circadian rhythm Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	9575	12753
Ensembl	ENSG00000134852	ENSMUSG00000029238
UniProt	O15516	O08785
RefSeq (мРНК)	NM_001267843 NM_004898	NM_007715 NM_001289826 NM_001305222
RefSeq (білок)	NP_001254772 NP_004889	NP_001276755 NP_001292151 NP_031741
Локус (UCSC)	Хр. 4: 55.43 – 55.55 Mb	Хр. 5: 76.36 – 76.45 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

CLOCK (англ. Clock circadian regulator) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 4-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 846 амінокислот, а молекулярна маса — 95 304.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MLFTVSCSKM		SSIVDRDDSS		IFDGLVEEDD		KDKAKRVSRN		KSEKKRRDQF
NVLIKELGSM		LPGNARKMDK		STVLQKSIDF		LRKHKEITAQ		SDASEIRQDW
KPTFLSNEEF		TQLMLEALDG		FFLAIMTDGS		IIYVSESVTS		LLEHLPSDLV
DQSIFNFIPE		GEHSEVYKIL		STHLLESDSL		TPEYLKSKNQ		LEFCCHMLRG
TIDPKEPSTY		EYVKFIGNFK		SLNSVSSSAH		NGFEGTIQRT		HRPSYEDRVC
FVATVRLATP		QFIKEMCTVE		EPNEEFTSRH		SLEWKFLFLD		HRAPPIIGYL
PFEVLGTSGY		DYYHVDDLEN		LAKCHEHLMQ		YGKGKSCYYR		FLTKGQQWIW
LQTHYYITYH		QWNSRPEFIV		CTHTVVSYAE		VRAERRRELG		IEESLPETAA
DKSQDSGSDN		RINTVSLKEA		LERFDHSPTP		SASSRSSRKS		SHTAVSDPSS
TPTKIPTDTS		TPPRQHLPAH		EKMVQRRSSF		SSQSINSQSV		GSSLTQPVMS
QATNLPIPQG		MSQFQFSAQL		GAMQHLKDQL		EQRTRMIEAN		IHRQQEELRK
IQEQLQMVHG		QGLQMFLQQS		NPGLNFGSVQ		LSSGNSSNIQ		QLAPINMQGQ
VVPTNQIQSG		MNTGHIGTTQ		HMIQQQTLQS		TSTQSQQNVL		SGHSQQTSLP
SQTQSTLTAP		LYNTMVISQP		AAGSMVQIPS		SMPQNSTQSA		AVTTFTQDRQ
IRFSQGQQLV		TKLVTAPVAC		GAVMVPSTML		MGQVVTAYPT		FATQQQQSQT
LSVTQQQQQQ		SSQEQQLTSV		QQPSQAQLTQ		PPQQFLQTSR		LLHGNPSTQL
ILSAAFPLQQ		STFPQSHHQQ		HQSQQQQQLS		RHRTDSLPDP		SKVQPQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, активаторів, ацилтрансфераз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, пошкодження ДНК, біологічні ритми, поліморфізм. Білок має спеціальну ділянку для зв'язування з ДНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Rutter J., Reick M., Wu L.C., McKnight S.L. (2001). Regulation of clock and NPAS2 DNA binding by the redox state of NAD cofactors. Science. 293: 510—514. PMID 11441146 DOI:10.1126/science.1060698
• Ward S.M., Fernando S.J., Hou T.Y., Duffield G.E. (2010). The transcriptional repressor ID2 can interact with the canonical clock components CLOCK and BMAL1 and mediate inhibitory effects on mPer1 expression. J. Biol. Chem. 285: 38987—39000. PMID 20861012 DOI:10.1074/jbc.M110.175182
• Ye R., Selby C.P., Ozturk N., Annayev Y., Sancar A. (2011). Biochemical analysis of the canonical model for the mammalian circadian clock. J. Biol. Chem. 286: 25891—25902. PMID 21613214 DOI:10.1074/jbc.M111.254680
• Richards J., Gumz M.L. (2013). Mechanism of the circadian clock in physiology. Am. J. Physiol. 304: R1053—R1064. PMID 23576606 DOI:10.1152/ajpregu.00066.2013
• Eckel-Mahan K., Sassone-Corsi P. (2013). Metabolism and the circadian clock converge. Physiol. Rev. 93: 107—135. PMID 23303907 DOI:10.1152/physrev.00016.2012

Див. також

• Хромосома 4